Génétique de la leishmaniose cutanée humaine et étude des variants génétiques affectant le développement intracellulaire du parasite – GENLEISHPHAG

Leishmania braziliensis et L.tropica causent des ulcères cutanés persistants qui répondent peu au traitement.Les raisons pour lesquelles certains sujets résistent aux infections par ces parasites alors que d'autres sont sévèrement atteints sont mal connues. Le projet soumis se propose d'en analyser le déterminisme génétique;il consiste en un criblage de génome du type cas contrôle. Les pathogènes intracellulaires se développant dans les compartiments de la voie de la phagocytose/endocytose(PEP) ont exercé une forte pression de sélection sur le génome humain, il est donc probable qu'il en ait résulté la sélection de nombreux variants de la voie PEP. Ceux-ci affecteraient le développement de Leishmania mais aussi de Brucella, Mycobacterium ou Salmonella. Nos études récentes montrent que des variants de VPS26A diminuent le risque de LC.Ces considérations nous ont amenés à étudier en priorité les variants qui affectent la voie PEP parmi tous les variants qui sortiront de l'étude génétique.Une cohorte homogène (Brésil 1) de 800 sujets avec des lésions actives ou cicatrisées causées par Leishmania braziliensis et 800 contrôles endémiques seront recrutés dans trois villages de Pernambucco au Brésil. Une étude d'association sur le génome entier sera réalisée sur ces sujets afin d'identifier les polymorphismes associés à la LC. Cette stratégie permettra de détecter tous les variants même ceux présentant un risque relatif modeste. 300 à 400 polymorphismes présentant une association significative (p<10-7) ou suggestive (p<10-5) avec la LC seront sélectionnés. Ceux-ci seront génotypés dans deux nouvelles cohortes déjà recrutées par le laboratoire (Brésil 2 : 500 trios et Brésil 3 : 500 cas / 500 contrôles). Les SNPs significativement associés avec la maladie seront alors étudiés dans une population Iranienne infectée par L. tropica. Ce dernier test aura pour but de révéler les variants génétiques impliqués dans les deux infections et qui identifieront de nouvelles cibles thérapeutiques. L'analyse sur la population iranienne permettra aussi de mieux définir les SNPs fonctionnels. Après analyse complète des données, nous pourrons orienter l'étude sur les SNPs situés dans des gènes codant des protéines de la voie de la phagocytose/endocytose. Après avoir identifié quels SNPs affectent le gène ou la protéine, nous évaluerons plus précisément les protéines mises en jeu dans la maturation des compartiments endocytaires en sous- ou sur-exprimant ces protéines dans un système in vitro. Nous évaluerons aussi l'effet des polymorphismes sur le développement du parasite en purifiant et en analysant les vacuoles contenant le pathogène. Enfin nous testerons l'implication de ces mêmes protéines dans le développement intracellulaire d'autres pathogènes tels que : Brucella abortus, Mycobacterium avium et Salmonella thyphimurium. Ce projet conduira à plusieurs découvertes d'importance majeure: 1) l'étude des polymorphismes associés à la LC apportera de nouvelles informations originales sur le fonctionnement de la voie de la phagocytose/endocytose; 2) les polymorphismes identifiés nous éclairerons sur les causes de la grande susceptibilité de certains sujets aux infections par L. braziliensis et L. tropica; 3) une partie de ces informations seront généralisées à d'autres pathogènes qui se développent dans les phagocytes tels Mycobacterium, Salmonella et Brucella; 4) certains de ces variants pourraient être considérés comme cibles potentielles pour de nouveaux traitements des sujets infectés par Leishmania ainsi que par d'autres pathogènes; 5) enfin, les variants produits par cette analyse génétique mais n'intervenant pas dans la voie de l'endocytose pourront servir à tester des hypothèses concernant de nouvelles voies de résistance/susceptibilité aux infections par Leishmania.