– BioSpace

La modélisation et la simulation stochastique des systèmes biologiques permettent de mieux comprendre le fonctionnement des réseaux de régulation génétiques. Dans ce projet, nous proposons de concevoir et d'implanter un nouveau langage de modélisation stochastique qui permettra d'aborder n'importe quel type de réseau de régulation impliquant un contrôle concurrent dépendant de la position des acteurs, quel que soit le type des données spatiales. Nous espérons aboutir à un cadre unifié accessible aux biologistes, qui étend les approches existantes à base de règles, tout en proposant notamment des compartiments à volume variable. Les méthodes de vérification et de prédiction existantes seront étendues pour s'appliquer à ce nouveau langage. Nous appliquerons notre langage à des cas d'études de biologie cellulaire, en s'intéressant aux aspects spatiaux de la régulation des gènes eucaryotes : position des chromosomes dans le noyau, apparition et maintien des compartiments, interactions croisées entre chromosomes.