– ChapEx

La particularité des phages tempérés est de pouvoir intégrer leur génome dans le chromosome de l'hôte, un processus appelé lysogénie. Lorsque les conditions environnementales deviennent critiques, et en particulier lors de dommages de l'ADN tels que ceux provoqués par les UV, le cycle lytique est enclenché et le génome du prophage s'excise avant d'être répliqué. L'intégration et l'excision de l'ADN double brin d'un phage tempéré dans et à partir du chromosome de l'hôte sont des réactions opposées de recombinaison spécifique de site (RSS). Les protéines mises en jeu sont essentiellement l'intégrase qui porte l'activité recombinase, et l'excisionase qui est nécessaire seulement pour l'excision et qui dirige l'activité de l'intégrase. Ces deux protéines sont codées par le génome du phage. Des protéines accessoires, codées par le génome de l'hôte sont également impliquées dans la réaction de RSS, il s'agit essentiellement de protéines histone-like telles que IHF, H-NS ou FIS chez Escherichia coli qui agissent en courbant l'ADN et en favorisant l'interaction des protéines de recombinaison avec leurs cibles ADN. Notre équipe s'intéresse en particulier à la recombinaison spécifique de site du prophage KplE1 d'E. coli K12 (Panis et al, 2007 J Biol Chem. 282(30):21798-80). Par une approche de co-purification, nous avons mis en évidence pour la première fois, l'implication de la protéine générale de stress thermique DnaJ (HSP40) dans le processus d'excision du prophage KplE1. De manière tout à fait inattendue, DnaJ que nous avons identifiée comme interagissant avec l'excisionase (TorI) du système KplE1, favorise la réaction d'excision dans un système in vitro développé au laboratoire. Notre projet de recherche consiste à caractériser le mécanisme moléculaire qui permet au cochaperon DnaJ de favoriser la réaction d'excision par des approches physiologique in vivo et du point de vue biochimique d'étudier la mécanistique de l'excision du prophage KplE1 en présence du cochaperon DnaJ. Notre hypothèse de travail est que DnaJ favorise la formation de l'intasome, la structure nucléoprotéique compétente pour la recombinaison, en interagissant avec l'excisionase, l'élément clé qui dirige la réaction vers l'excision. De manière plus large, nous aimerions élucider le rôle des protéines de stress thermique en général et de DnaJ en particulier dans divers processus de RSS tels que l'excision d'autres prophages ou de transposon.