– RIL-KIT

La communauté scientifique du végétal a atteint une ère post-génomique, grâce aux outils développés suite au séquençage complet de plusieurs génomes, conduisant vers la biologie intégrative. Rappelons que la plupart des caractères d'intérêt agronomique sont quantitatifs et que leur étude nécessite des stratégies et techniques particulières. La connaissance des réseaux de gènes impliqués dans l'expression de ces caractères complexes fournira de nouvelles cibles pour l'amélioration des plantes. La mise en évidence de la macro- et de la micro-linéarité entre les génomes végétaux permet d’envisager des passerelles de plus en plus fréquentes entre les espèces pour la portabilité des grands mécanismes biologiques ou plus simplement pour la détection de marqueurs. Les retombées majeures de la génomique végétale passeront par le développement et la mise à disposition de nouveaux outils et ressources, comme ceux qui permettent le clonage des QTL (Quantitative Trait Loci). La SGAP dirige le Centre de Ressources de l'INRA de Versailles pour Arabidopsis thaliana. Nous avons élaboré un plan de croisements rationnel, puis construit et cartographié une série de populations de lignées recombinantes (RIL). Dans le cadre de ce projet ressource , nous proposons de créer des populations complètes de lignées quasi-isogéniques (NIL) pour renforcer la ressource RIL en permettant une confirmation rapide des QTL individuels. Dans ce dessein, nous exploiterons l'hétérozygotie résiduelle présente dans nos RIL pour fixer des familles de HIF (Heterogeneous Inbred Family). Nous avons montré précédemment que cette stratégie est efficace et fournit le matériel pour les étapes ultérieures de cartographie fine. De plus, nous proposons de déterminer l'état du transcriptome dans les populations de RIL pour l'ensemble des gènes d'Arabidopsis grâce à l'utilisation des puces CATMA à l'URGV (ARN de jeunes rosettes au stade végétatif). Les variations de niveau d'expression des gènes individuels seront analysées comme des caractères quantitatifs, ce qui permettra de cartographier des QTL contrôlant le niveau de transcripts (eQTL), autorisant ainsi pour la communauté scientifique l'accès à une information stratégique pour le clonage de QTL et la recherche de gènes candidats. Tout le matériel et les données produits seront publiquement mis à disposition de la communauté par l'intermédiaire de notre site web et nos bases de données, ainsi que d'autres sources pertinentes.