– PICOVIR

Les virus sont particulièrement nombreux et ubiquitaires en milieu marin et sont présents à toutes les profondeurs des océans. Ils représentent à la fois une quantité importante de biomasse (environ 200 millions de tonnes de carbone) et un réservoir de diversité génétique encore largement inexplorée. Le picophytoplancton eucaryote est un élément essentiel des chaînes alimentaires océaniques. Il est ubiquitaire, très divers dans sa composition et ses densités de population sont largement contrôlées par les virus. Nous proposons de caractériser les génomes complets de six virus à ADN (phycodnavirus) spécifiques de trois genres de picophytoplancton appartenant aux Mamiellales, une famille ayant divergée précocement dans la lignée verte (2 virus de chacun des genres Ostreococcus spp, Bathycoccus spp et Micromonas spp). Le site retenu pour cette étude est le Golfe du Lion, au nord-ouest de la Méditerranée incluant les étangs côtiers, où ces trois genres sont présents. Nous avons récemment isolé et cultivé des virus d'Ostreococcus spp et Bathycoccus spp originaires de cette région. Les couples hôtes-virus retenus pour l'étude seront choisis d'abord parmi les écotypes de picoeucaryotes pour lesquels le génome de l'hôte est connu ou seront disponibles rapidement (5 espèces de deux genres et nous avons soumis un projet pour le séquençage du troisième genre). Les phycodnavirus ont une taille de génome comprise entre 200 et 400 Kb et nous pensons caractériser environ 300 gènes par virus et ainsi mieux appréhender les échanges d'information génétique entre les hôtes et leurs virus et les co-évolutions à ce niveau primaire de l'écosystème océanique. De plus, nous prévoyons d'isoler 8 nouveaux clones de Mamiellales de chaque genre, de caractériser leur croissance, de déterminer leur séquence ribosomique (18S et ITS) et de les incorporer à la collection d'algue de Roscoff (partenaire 2) et Banyuls (partenaire 1). Ceci permettra des comparaisons des spécificités hôtes-virus à partir des souches régionales ainsi que des souches du site SOMLIT localisé dans la Manche (partenaire 2). Simultanément, nous caractériserons les phénotypes des hôtes et leurs virus (croissance, cytopénie, lyse des cellules hôtes après infection, microscopie électronique). Nous décortiquerons leur évolution en utilisant les séquences d'ADN conservées telles que l'ADN polymérase du virus et 18SrDNA de l'hôte, pour situer ces organismes phylogénétiquement dans le monde vivant par rapport à leurs voisins et par rapport aux séquences métagénomiques disponibles. ...