– BIORIB

Chez les eucaryotes, le ribosome ne peut pas s'assembler seul à partir des ses composants isolés. La biogenèse du ribosome s'effectue dans le nucléole, un compartiment nucléaire spécialisé et nécessite l'action concertée de plus de 200 protéines. La fonction de ces protéines non ribosomals est souvent indispensable pour la croissance cellulaire mais reste souvent mal connue. - - - - L'assemblage des protéines ribosomal sur l'ARNr est coordonné avec la maturation de l'ARNr et a lieu pendant la transcription de l'ARNr. Les protéines s'assemblent sur l'ARNr lors de sa synthèse en formant des complexes ribonucléoprotéique (RNP) énorme contenant à la fois des protéines ribosomales et non-ribosomales. Un des complexe le mieux caractérisé est un complexe de 2MDa appelé le SSU processome ou 90S pre-ribosome qui contient le U3 snoRNP et plus de 40 protéines. Ce RNP imposant peut être visualiser comme des petites boules attachées sur l'ARNr transcrit et encore attaché au rDNA. - - - - La compréhension de la biogenèse du ribosome est difficile pour plusieurs raisons : - - * La maturation des ribosomes est une processus dynamique et séquentiel dans lequel les complexes protéiques sont recrutés et remodelés suite à des évènements de maturation spécifiques. Les complexes formés sont donc transitoires et sont difficiles à détecter et à valider expérimentalement. - - * Une minorité des protéines impliqués dans la biogenèse des ribosomes ont une fonction démontré (hélicases, nucléases, enzymes de modification de l'ARN,...) L'analyse bioinformatique de la séquence ne fournit généralement pas d' informations fonctionnelles supplémentaires. - - * La plupart des protéines sont essentielles, rendant les études de délétions in vivo non concluantes. - - - - Le but du projet est d'obtenir des informations fonctionnelles sur les protéines impliquées dans la biogenèse des ribosomes en déterminant leur structure tridimensionnelle. Notre expérience en génomique structurale nous a montré que la structure tridimensionnelle fournit parfois une attribution certaine de la fonction. Dans les cas les plus difficiles, il est toujours possible d'extraire des informations sur la fonction. La co-cristallisation avec des cofacteurs ou des tests activités peuvent être utilisés pour confirmer la fonction prédite. - - - - L'interactome des protéines impliquées dans la biogenèse des ribosomes est extrêmement complexe et dynamique, mais il a été démontré qu'il existe des sous-complexes contenant deux ou trois protéines qui agissent comme des modules indépendant à l'intérieur de plus gros complex RNP. Le projet se focalisera sur la validation et la détermination de la structure de complexes protéines-protéines en utilisant des protéines recombinantes. La structure de ces complexes fournira des informations riches non seulement sur la fonction des protéines mais aussi sur l'organisation des plus gros complexes tel que le SSU processome. - - - - Les différentes techniques envisagées dans ce projet sont : - - * Analyse bioinformatique pour le choix des protéines cibles - - * Clonage des gènes et tests d'expression bactérien pour les protéines isolées - - * Cristallogénèse et résolution de la structure des protéines purifiables - ...