Etude du dépliement et du repliement d'acides nucléiques au moyen d'un nanopore:coopérativité et interactions entre helices, chemins de repliement cotranscriptionels. – RNAnopore

Notre projet consiste à développer une nanotechnologie innovante afin d’approfondir notre connaissance du rôles des interactions entre hélices dans la dynamique de changements structuraux des switches ARN.. Nous nous proposons d'utiliser un pore naturel de 1.8 nm de diamètre incorporé dans une membrane lipidique comme moyen d'ouverture séquentielle de structures appariées d’un ARN simple brin. En forçant le passage de ces acides nucléiques par application d'un champ électrique transmembranaire nous étudierons l'ordre et le mécanisme d'ouverture de leurs régions appariées. Nous nous interesserons ensuite à l'ouverture de structures présentant des nœuds et nous montrerons la capacité de la technique à obtenir des informations quantitatives sur coopérativité d’ouverture de ces structures. Nous développerons de plus deux techniques permettant de coupler la détection par nanopore avec une détection optique soit après la translocation (utilisation de vésicules) soit pendant la translocation (temps réel) d'ARN marqués par une paire Fret. Nous déterminerons ainsi les chemins de repliement séquentiels de molécules modèles sur une gamme de temps variant de la ms à l'heure. L'ensemble de ces mesures sera effectué à l'échelle de la molécule unique. Ce projet propose la première technique physique imitant la transcription et capable d'observer les chemins de repliement séquentiels en temps réel.