– Torl dual role

Nous proposons d'étudier dans ce projet les relations entre la régulation du métabolisme général d'une bactérie hôte et le processus d'excision d'un prophage. Cette étude est basée sur nos travaux récents qui ont permis de montrer que la protéine TorI possède un double rôle chez Escherichia coli: (i) TorI est l'excisionase du prophage défectif KplE1 de type lambda; (ii) TorI est l'inhibiteur du régulateur de réponse TorR qui régule la biosynthèse du système respiratoire TMAO réductase, TorI interfère donc avec le métabolisme énergétique de la bactérie hôte . Dans une première partie de ce projet, un ensemble d'approches génétiques, biochimiques et structurales nous permettra de caractériser les deux fonctions de TorI. Le mécanisme d'inhibition de la transcription des gènes cibles de TorR sera étudié et, en particulier, nous rechercherons comment TorI interfère avec le recrutement de l'ARN polymérase au promoteur tor. Les interactions entre TorI et ses différents partenaires moléculaires seront caractérisées et les régions de TorI impliquées dans ces interactions seront cartographiées. Nous développerons également un test d'excision in vitro afin d'étudier la formation du complexe intasome impliqué dans l'excision du prophage KplE1. Afin de comprendre quelles sont les relations physiologiques entre les deux rôles de TorI, la chronologie des évènements liés à TorI sera étudiée. Une analyse globale du transcriptome sera effectuée en comparant les profils de transcription en absence et en présence de TorI, de manière à identifier d'autres régulateurs transcriptionnels potentiellement affectés par la production de TorI. Des interactions directes entre TorI et ces régulateurs seront alors recherchées. Afin de généraliser ce rôle à d'autres protéines de type TorI, nous réaliserons le même type d'étude génomique avec les 3 homologues de TorI présents dans le colibacille uropathogène O157:H7. Nous rechercherons en particulier si chacun de ces homologues possède des cibles particulières. La caractérisation structurale de la famille de protéines homologues à TorI sera également entreprise, nous déterminerons ainsi s'il existe une signature spécifique de cette famille d'excisionase.De manière générale, nous suspectons que d'autres protéines phagiques, exprimées pendant la transition entre le cycle lysogène et le cycle lytique, pourraient également interférer avec le métabolisme de la bactérie hôte, nous envisageons donc d'étudier l'impact de protéines codées par le prophage KplE1 sur le métabolisme général d'E. coli et ainsi établir un lien entre hôte et prophage au moment de l'excision de celui-ci.