L'ANR accentue en 2008 son implication dans la recherche sur les Maladies Rares en partenariat avec l'AFM
Cette augmentation s'explique par le fléchage des recherches sur les maladies rares dans deux programmes nationaux, "Du gène à la physiopathologie ; des maladies rares aux maladies communes" (Genopat) et "Maladies neurologiques et psychiatriques" (MNP) alors qu'en 2007, les maladies rares étaient cantonnées dans un programme spécifique "Programme national de recherche sur les maladies rares" (MRAR). On peut noter également en 2008 la sélection de projets sur cette thématique dans le "programme de recherches pluridisciplinaires en physique et chimie du vivant" ou encore dans le programme partenarial public-privé "Biotechnologies" portant sur des recherches plus appliquées.
Du fait de l'importance de ces recherches pour la compréhension des mécanismes des maladies et le développement de nouveaux outils thérapeutiques, l'ANR continuera en 2009 à flécher les maladies rares dans deux programmes nationaux, Genopat et MNP (ouverture la semaine du 8 décembre 2008) ainsi que dans le programme international E-rare (ouvert le 3 décembre 2008).