En 2008, l'ANR lance deux appels à projets transversaux qui rassemblent un grand nombre de domaines scientifiques différents

L'AAP "Systèmes complexes et modélisation mathématique" (SYSCOMM) vise à développer des modèles simplifiés de systèmes complexes dans des domaines extrêmement variés allant, sans être exhaustif, de la dynamique des écosystèmes, à la biologie systémique, en passant par les cycles biogéochimiques ou la mécanique des milieux hétérogènes, les systèmes rencontrés dans différentes sciences pour l'ingénieur (avionique, génie civil,...) ou les dynamiques humaines et sociales. L'AAP "Contaminants, écosystèmes, santé" (CES) vise à mieux connaître les contaminants (physiques, chimiques ou biologiques) et leur dynamique dans les écosystèmes. Il a pour double objectif une meilleure prise en compte de la qualité des écosystèmes et de la santé humaine et animale et le développement d'innovations technologiques, de procédés et de pratiques en toxico- et éco-toxicologie, chimie, nanotechnologies, agronomie,..., dans les domaines de la prévention, de la substitution, de la réduction des expositions et de la remédiation.