Genomic and functional characterization of domestic plant and animal genetic diversity as a keystone for agroecology: linking genome to phenome

Le changement climatique en cours aura un impact considérable sur les conditions environnementales et affectera donc négativement l'agriculture de plusieurs manières, allant de la disponibilité en eau ou des intrants, à la modification de la répartition des ravageurs ou des maladies. Une piste pour faire face aux contraintes du changement climatique, tout en répondant aux objectifs de l'agroécologie, est de caractériser efficacement, avant son exploitation en sélection, la diversité génétique inexploitée, stockée et disponible dans les collections ex situ et in situ. Dans ce contexte, à partir de 20476 et 7466 accessions sélectionnées respectivement pour neuf familles botaniques et huit espèces animales, le projet AgroDiv (1) associe des données de passeport fournissant toutes les informations nécessaires à leur authentification, (2) caractérise cette diversité génétique grâce aux méthodes de génotypage et de séquençage les plus avancées, (3) développe des moteurs de recherche conviviaux et des méthodes d'intégration multi-omiques pour filtrer rapidement et efficacement les données des collections et des essais sur le terrain afin d'évaluer « fonctionnellement » les accessions, individus ou populations d'intérêt à mobiliser dans les futurs systèmes alternatifs et schémas de sélection, (4) optimise et implémente les outils nécessaires pour explorer la diversité disponible par des approches de génétique des populations et de pangénomique afin, (5) d’explorer la diversité génétique disponible dans ces collections pour identifier les régions génomiques fonctionnelles clés, et enfin (6) transférer entre espèces ces connaissances acquises sur la diversité génétique de chaque espèce étudiée dans une approche de recherche translationnelle. Pour cela le projet AgroDiv repose sur un consortium unique de 191 spécialistes reconnus en génétique, génomique, biostatistiques et bioinformatique issus de 4 instituts de recherche, INRAE, CNRS, IRD, Inria (ainsi que via les Unités Mixtes de Recherche, les Universités, le CEA, le CIRAD, AgroParisTech et l’Institut Agro Montpellier) et travaillant aussi bien dans le domaine de la génétique animale que végétale pour la sélection.