Heritabilite de bovine d’un point de vue de holobiont – Hi-HOPE

Des preuves substantielles indiquent que les taxons, espèces et souches bactériennes, du tractus intestinal des bovins forment un réseau fonctionnel essentiel qui joue un rôle clé dans la stabilisation et l'intégrité du microbiome. Cela peut notamment se traduire par l'exclusion de bactéries pathogènes de ce réseau empêchant ainsi leur prolifération ou colonisation extensive. Le projet HI-HOPE émet l'hypothèse que le microbiome central (core microbiome) est stabilisé par des déterminants génétiques de l'hôte pour établir un holobionte, suggérant ainsi la transmissibilité héréditaire d'un microbiome bénéfique, aussi appelé microbiabilité (« microbiability »). Afin de tester cette hypothèse, le projet repose sur un programme d'élevage hautement contrôlé permettant la surveillance de leur microbiote, où : i) la génétique et la généalogie des individus sont connues, ii) au sein des groupes de fratries, les descendants possèdent des génotypes étroitement liés mais différents d’autres groupes non-apparentés, et iii) les groupes de descendants sont maintenus dans un environnement très contrôlé. Le projet capitalise sur un programme d'élevage utilisant le transfert d'embryons pour établir deux groupes de veaux génétiquement différents. Chaque groupe comprend plusieurs ensembles de frères et sœurs élevés dans une même ferme. L’analyse des échantillons de selles de ces animaux permettra d’identifier les différentes configurations de microbiomes conservés en fonction du génotype de l'hôte et à reconstruire un réseau fonctionnel entre ses composants. Les comparaisons entre les microbiomes des mères biologiques (mères nourricières, mères receveuses) et des veaux à différents âges renseigneront sur la transmissibilité et la persistance des souches bactériennes chez l’hôte, aussi en fonction de la génétique du taureau et de la vache donneuse d'embryons. A partir des échantillons fécaux collectés, le microbiome central transmissible pourra être identifié, ainsi que les taxons capables d'exclure de manière compétitive les agents zoonotiques pathogènes animaux, exemplifiés avec ceux du groupe des Enterobacteriaceae. Dans ce contexte, le projet HI-HOPE permettra d’identifier les déterminants microbiologiques et génétiques de l'hôte responsables de la microbiabilité.