Vers une approche holistique des infections respiratoires en réanimation : Preuve de concept et intérêt dans le suivi médical des patients sous ventilation mécanique – Inf-HOLOBIONT

La pneumonie acquise sous ventilation mécanique (PAVM) reste en réanimation une infection avec une mortalité attribuable élevée que nous devons améliorer. Notre projet vise à développer un outil diagnostique rapide novateur «Inf-HOLOBIONT» capable d'évaluer dans le même temps les 3 composantes : survenue d’un pathogène (infection), dysbiose microbienne / coïnfection et réponse immune de l'hôte à partir du même échantillon respiratoire de patients à haut risque de développer une PAVM (HR-PAVM), via une méthode holistique de séquençage profond associée à une approche bioinformatique unique sur Oxford Nanopore Technology (ONT).
Le critère d'évaluation principal sera l’efficience à diagnostiquer une PAVM avec Inf-HOLOBIONT comparée aux méthodes de microbiologie conventionnelles ; les critères secondaires étant la capacité de Inf-HOLOBIONT à détecter les patients HR-PAVM+ et son intérêt pour identifier les patients pas ou peu répondeurs au traitement antibiotique de la PAVM.
Pour développer cet outil holistique facile à utiliser, à réponse rapide, nous analyserons l'ADN/ARN complet (métagénomique) des échantillons par méthode ONT couplée à une bioinformatique novatrice (i.e. Read-Until adapté) selon un projet en 2 étapes :
- Une étape rétrospective (48 patients) pour mettre en place l'ensemble du processus et valider la preuve de concept via une approche multi-matrice incluant la réponse immune et le microbiome pour cibler les 3 composantes.
- Une étape prospective (70 patients, 350 échantillons aux risque a=0,05 et puissance de 90%) nous permettra de valider l'utilisation quotidienne de l'outil Inf-HOLOBIONT aux CHU de Bordeaux et Limoges.
Notre consortium est multidisciplinaire, basé sur l'expertise reconnue des partenaires pour optimiser l’analyse de l’ensemble des données cliniques et métagénomiques. Seule l'approche ONT doit être déployée, les autres méthodes étant déjà utilisées par au moins une des équipes du projet, ce qui assure la faisabilité du projet.