Harmonisation des pipelines de métabarcodage des plantes en Europe pour soutenir les activités de surveillance dans le domaine des plantes et de leurs réseaux organismiques fonctionnels – METAPLANTCODE

En tant qu'autotrophes, les plantes sont le moteur des écosystèmes terrestres. Il est alarmant de constater que deux espèces végétales sur cinq sont menacées d'extinction, ce qui peut avoir des répercussions sur d'autres organismes. Le métabarcodage des plantes, qui consiste à analyser l'ADN environnemental (ADNe) pour identifier les taxons, peut être normalisé et automatisé, ce qui le rend adapté à la surveillance à haut débit, à grande échelle et à long terme. Cette technique permet de réaliser des études de la biodiversité à une échelle et avec une précision jusqu'alors inaccessibles. En Europe, les initiatives de conservation de la nature reposent sur la présence d'espèces, et les espèces indicatrices constituent le fondement de la prise de décision en matière de conservation. Cependant, les acteurs des secteurs public et privé ont besoin de méthodes rapides, précises et peu coûteuses pour surveiller la biodiversité végétale. Le projet transnational et transdisciplinaire METAPLANTCODE vise à tester et à optimiser des études de cas paneuropéennes sur le métabarcodage, à fournir des recommandations de bonnes pratiques, à optimiser les pipelines d'analyse pour l'identification des espèces et à créer des bases de données de référence faciles à utiliser à mettre en œuvre dans les infrastructures européennes et nationales, en collaboration avec BIOSCAN Europe, les communautés ELIXIR et d'autres. Le projet identifiera et spécifiera les lacunes, publiera des documents de bonnes pratiques sur la publication de données FAIR de métabarcodes de plantes dans les bases de données GBIF et INSDC, et mettra en œuvre des modèles DL multimodaux compatibles avec ELIXIR dans de nouveaux outils pour des analyses de métabarcoding autonomes utilisant différentes sources de données. Le projet améliorera également la précision de l'identification des espèces grâce aux enregistrements et aux métadonnées du GBIF (GBIF, EUNIS, Biolflor, par les données de séquence, les données textuelles, les ensembles de données de classification taxonomique et les analyses écologiques) et mettra en correspondance les listes de contrôle taxonomiques botaniques régionales, nationales et internationales, les listes rouges et les flores avec le Catalogue of Life (COL) par l'intermédiaire de la ChecklistBank du COL. En outre, la littérature taxonomique et floristique sera sémantiquement enrichie par de nouveaux modules de reconnaissance d'entités et d'extraction de relations afin d'améliorer l'identification des espèces grâce à des caractéristiques descriptives/phénotypiques spécifiques à un domaine (par exemple, habitats, caractéristiques, caractéristiques du sol, interactions biotiques). Une interface sera fournie pour relier les noms taxonomiques aux traitements, identifier les homonymes et les synonymes, et faciliter la conversion et l'annotation de la flore, des listes rouges et des traitements écologiques. Tous les produits METAPLANTCODE seront disponibles à la fin du projet FAIR+. Le projet soutiendra le transfert de connaissances avec les partenaires associés et les parties prenantes dès le début. Les parties prenantes concernées seront identifiées, les priorités seront fixées, les canaux de communication seront établis, contrôlés et révisés si nécessaire. Des efforts accrus en matière d'engagement des parties prenantes, de formation et de sensibilisation seront entrepris afin de garantir que le métabarcodage des plantes devienne une norme de routine pour la surveillance de la biodiversité en Europe et au-delà à l'avenir.