Épidémiologie des virus respiratoires et contrôle de la diffusion et impact sur la sante publique – VIRESP

Pour atteindre cet objectif, nous proposons de développer des méthodologies, des techniques et des outils permettant d’analyser le risque d’infection et la charge de maladie dans différentes populations, ainsi que les bénéfices des programmes de vaccination. Cette Chaire industrielle soutiendra une équipe dédiée de chercheurs et formera des scientifiques hautement qualifiés pour fournir des orientations stratégiques basées sur des données et renforcer la capacité de recherche sur les maladies infectieuses respiratoires, en lien avec les produits vaccinaux et l’utilisation optimale des vaccinations en France et à l’international.
Ce programme s’appuiera sur les données, les infrastructures et l’expertise de plusieurs partenaires locaux, nationaux et mondiaux afin de fournir :
1. Des publications de recherche : articles scientifiques, rapports stratégiques et présentations en conférence.
2. Des outils analytiques : compréhension du fardeau des virus respiratoires et évaluation de la performance vaccinale.
3. Des stratégies d’amélioration des systèmes de surveillance : renforcement de la préparation aux pandémies et de la résilience industrielle.
4. Une identification des cibles virales pour la R&D : développement de vaccins mieux adaptés aux populations à risque.
5. Un algorithme de détection des menaces virales : suivi des virus émergents et récurrents.
6. Un programme de formation et de diffusion : renforcement des capacités en épidémiologie, modélisation et bioinformatique.
Le Centre d’Excellence en Pathogènes Respiratoires (CERP), sous l’égide du Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), affilié à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), en partenariat avec Sanofi et les Hospices Civils de Lyon (HCL), évolue dans un écosystème riche dédié aux maladies infectieuses.

Dans le cadre de l'objectif 1, qui est axé sur le fardeau des virus respiratoires, différents projets utiliseront des set de données hospitalières provenant des HCL (data FIRESP). i) Le premier set de données a été reçu fin novembre 2024;ii) les analyses ont commencé en mai 2025. Un autre grand set de données utilisé est le Global Influenza Hospitalization Surveillance Network (GIHSN). i) un projet de Master2 sur la gestion des données manquantes binaires dans la recherche épidémiologique a été réalisé au premier trimestre 2024 et un manuscrit a été soumis en avril 2025;ii) un projet de doctorat (Aung Pone Myint) portant sur l'association de l'information génétique du virus de la grippe avec les marqueurs de gravité chez les patients hospitalisés, a l'analyse terminée. L'étudiant a fait une présentation lors de la réunion annuelle du GIHSN (Nov 2024), la soumission du manuscrit est prévue pour août 2025;iii) le projet de doctorat CIFRE (Angelica Revilla) mène une analyse sur les hospitalisations associées à des virus respiratoires au-delà de la grippe, du SRAS-CoV-2 et du VRS. Les travaux des deux doctorants ont été acceptés pour présentation à la conférence ESWI sur la grippe (Valence, 20-23 octobre 2025). L'objectif 2 est d'étudier l'évolution des virus respiratoires. En collaboration avec une équipe de l'Institut de Physique des 2 Infinis, Lyon et l'Université de Naples, Italie, le doctorant AP Myint a utilisé les séquences disponibles du SARS-CoV-2 pour identifier les distances entre deux séquences consécutives et les distances entre ces séquences et les souches vaccinales. Il a construit un modèle d'apprentissage automatique avec ces distances pour prédire le nombre d'hospitalisations dues à chaque chaîne virale. Soumission du manuscrit en août 2025. En collaboration avec le Centre national de la grippe, Lyon, AP Myint a rédigé un protocole pour:i) identifier les mutations dans le génome de la grippe chez les patients infectés admis aux HCL de 2018 à 2025; ii) évaluer l'association entre les mutations génétiques virales et la gravité de la maladie en reliant les données de séquençage viral aux données cliniques. Le protocole a été soumis au comité d'éthique des HCL et l'analyse débutera en 08/2025. L'objectif 3 est axé sur la performance du vaccin. Dans le but de décrire l'effet de la maladie modifié par le vaccin contre la grippe parmi les cas de grippe, le protocole a été développé en décembre 2024 et l'extraction des données (avec le soutien de l'ORC HEVA) commencera en juillet 2025. Brice Mastrovito a commencé sa thèse en décembre 2024. Pour l'objectif 4, 3, trois doctorants sont inscrits à l’UCBL, 2étudiants en Master ont déjà été formés. VIRESP a organisé un atelier sur les «Tableaux de bord de la surveillance des virus respiratoires» à Lyon les 31/03 et 01/04 2025, avec des intervenants du secteur public, privé et d'institutions nationales ou internationales. Un rapport sera publié pour mettre en valeur les échanges et les discussions

L'ensemble des données FIRESP sera exploré pour répondre à différentes questions de recherche dans le cadre de l'objectif 1. Un manuscrit sera rédigé d'ici la fin de l'année 2025.
Deux des doctorants feront une présentation à la conférence ESWI sur la grippe (Valence, 20-23 octobre 2025). Aung Pone Myint fera une présentation orale sur l'« Association of influenza viral genetic information with disease severity markers in hospitalized patients » ; et Angelica Revilla présentera un poster sur les «Predictors of severity among rhinovirus/enterovirus associated respiratory hospitalizations : A global perspective from the Global Influenza Hospital Surveillance Network 2017-2024«.
Dans le cadre de l'objectif 2, Aung Pone Myint soumettra un manuscrit décrivant son travail sur «From Sequences to Strategies : Early Detection of SARS-CoV-2 Variants and Leveraging Genetic Distance for Timely Responses to Reduce Hospitalizations by Emerging Variants« d'ici août 2025. Il lancera également un nouveau projet visant à identifier les mutations dans le génome de la grippe chez les patients infectés admis aux HCL entre 2018 et 2025, d'ici à septembre 2025.
Les analyses du projet « Décrire l'effet de la maladie modifié par le vaccin antigrippal parmi les cas de grippe » dans le cadre de l'objectif 3, seront menées au second semestre 2025 et une publication est prévue pour début 2026.

1. Nov, 2024- GIHSN Global Annual Meeting. Oral presentation by Aung Pone Myint: “Association of influenza viral genetic information with severity markers in hospitalized patients”. Nans-les-Pins, France.
2. Dec, CIRI Virology Specialty Day 2024. Oral presentation: by Aung Pone Myint : “Association of influenza viral genetic information with severity markers in hospitalized patients”. Lyon.