infections REspiratoires VIrales _ du DiAgnostic au Pronostic – REVIDA

Pour atteindre les objectifs de REVIDA en matière de diagnostic viral, deux prototypes centrés sur l'IFN-1 seront développés, avec des spécificités et des besoins distincts pour différents marchés. L'objectif est de mesurer la réponse interféron de type I de manière simple, rapide et efficace, une avancée majeure pour la gestion des infections respiratoires virales. Deux technologies moléculaires de bioMérieux seront utilisées : pour les pays occidentaux, un système PCR multiplex (BIOFIRE®) ; pour les pays en développement, des PCR en temps réel prêtes à l'emploi (ARGENE®). Le système FilmArray® de BIOFIRE® inclut 4 gènes stimulés par l'interféron (ISG) et utilise des échantillons de sang. Ce prototype est un nouvel outil, rapide et facile à utiliser, permettant des tests 24/7 près des patients dans les hôpitaux ou en laboratoire.

Sur le lot 1 portant sur le diagnostic, les résultats montrent que la réponse IFN peut apporter une valeur ajoutée aux tests de première intention effectués en routine dans les laboratoires hospitaliers (SARS-CoV-2, IAV, IBV, RSV). Les livrables à M18 sont :
- La performance du test du prototype IFN FilmArray sur plus de 800 échantillons nasopharyngés
- L’évaluation du score comme substitut de l'infection réplicative
- La détermination d’un seuil de réponse de l’IFN-I
Les résultats de l’étude RESPIFERON ont été publiés dans le journal EbioMedicine (IF=9.7). De plus, afin d’évaluer les performances du score IFN-I en population plus âgée, l’étude RESPIGERIA a débutée en juillet 2024 dans les services de gériatrie de Lyon et Saint-Etienne. Enfin, afin de mesurer les performances universelles du score IFN-I, l’étude UNIMAVI avec le Congo commencera en 2025 (protocole soumis au comité d’éthique local).
Le lot 2 sur le pronostic, souhaite vérifier le tonus de la voie IFN-I comme marqueur prédictif de la sévérité et ainsi aider à identifier les patients à risque de développer des infections graves dans la pratique clinique. Les livrables à M18 sont :
- Le choix des stimulants pour les tests immunitaires fonctionnels (IFA)
- L’optimisation du protocole IFA
En parallèle, l’étude clinique CARE-IF-COVID, a été approuvée par le comité éthique en septembre 2024. Cette étude inclura un total de 100 patients issus de deux études cliniques menées au laboratoire, tous ayant contracté une infection à SARS-CoV-2 lors de la première vague épidémique. Les inclusions ont commencé au dernier trimestre 2024 jusqu’à la fin du premier trimestre de 2025.
Le lot 3 porte sur l’encadrement et le soutien des étudiants de troisième cycle impliqués dans les programmes de recherche, en participant à des programmes de formation localement, et favorisant les échanges entre universités internationales et françaises pour attirer des étudiants talentueux.
A ce jour, deux étudiantes en thèse (CIFRE), un Post-doc, un alternant M2 et trois étudiants en stage M2 ont été recrutés. L’équipe REVIDA a participé à la construction du Master Infectiologie recherche appliquée en alternance de Lyon1, dont un projet tutoré est en cours sur le premier semestre 2025. Enfin, une étudiante de l’Université de Sao Paulo, est venue travailler sur des données préliminaires des taux d’IFN-I au niveau protéomique et transcriptomique. Des étudiants du Congo seront aussi invités à échanger sur les travaux de la Chaire au sein du laboratoire mixte de recherche.
lot 4 Concernant les aspects administratifs, juridiques et financiers du lot 4. L’objectif est de respecter les délais des livrables de la Chaire, convenus avec l’ANR, les jalons juridiques ainsi que l’éligibilité des dépenses.

• Valider la performance du kit sur des échantillons nasaux collectés auprès de patients hospitalisés aux HCL pendant deux saisons et auprès de sujets vivant dans des pays à revenu faible ou intermédiaire avec une autre épidémiologie virale (M30)
• Quantification du score IFN sur des échantillons nasaux aux Hospices Civils de Lyon et dans des pays non européens (M30)
• Analyse statistique sur la performance du kit universel pour l'infection virale (M36)
• Protocole et accord éthique pour l'étude clinique visant à optimiser la stratégie d'isolement et à limiter la propagation des virus en milieu hospitalier (M39)
• Première inclusion dans une étude clinique médico-économique (M40)
• Validation d’un kit de diagnostic universel innovant pour les infections virales (M48)
• Estimation de la réduction de la propagation virale en milieu clinique utilisant le kit (M48)

1. Trepat K, Gibeaud A, Trouillet-Assant S, Terrier O. Exploring viral respiratory coinfections: Shedding light on pathogen interactions. Evans MJ, éditeur. PLoS Pathog. 24 sept 2024;20(9):e1012556.
2. Mommert-Tripon M, Parraud D, Grosbois C, Gaymard A, Cheynet V, Lina B, et al. Advancing respiratory virus diagnostics: integrating the nasal IFN-I score for improved viral detection. eBioMedicine. déc 2024;110:105450.
3. Mouton W, Gombert JM, Barra A, Solis M, Fafi-Kremer S, Lévêque N, Trouillet-Assant S, Mommert-Tripon M, Tuaillon E, Morand P.Virologie (Montrouge). 2024 Oct 1;28(5):327-339. doi: 10.1684/vir.2024.1064.PMID: 39498799 Review. French.
Congrès AFRAVIH : Avril 2024 « Interest in a universal test for the detection caused by conventional, emerging and re-emerging viruses ». Pr Avelin AGHOKENG et Dr Sophie TRouillet-Assant
4. Congrès RICAI : Décembre 2023 : Prix Virologie

Au cours des dernières années, deux problématiques majeures de santé publique ont été mises en évidence:
L'émergence de nouveaux virus, notamment respiratoires, et l'augmentation de la résistance aux antibiotiques, qui compliquent de plus en plus la prise en charge des patients infectés.
Ce projet s'appuiera sur l'expertise existante et les collaborations établies entre plusieurs partenaires aux niveaux régional, national et international afin de développer et mettre à disposition :
1. de nouveaux outils permettant de mieux diagnostiquer les infections virales, en anticipant celles qui seront causées par des virus émergents. Ces outils seront basés sur des technologies innovantes favorisant l’analyse de la réponse de l'hôte plutôt qu’une recherche exclusive des agents pathogènes.
2. des moyens/solutions permettant de limiter et de mieux gérer la circulation des virus (par exemple en adaptant les délais d'isolement), en se basant notamment sur l’identification des sujets infectés par un virus réplicatif, autrement dit à haut degré de contagiosité.
3. des marqueurs prédictifs de la gravité des infections permettant d’aller vers une médecine de plus en plus personnalisée, notamment en optimisant les stratégies prophylactiques.
4. une optimisation des synergies entre les autorités sanitaires et les principaux décideurs/parties prenantes afin de maximiser la valeur et l’impact du projet.

Afin de répondre avec succès à ces enjeux et objectifs, trois entités occupant une importante position au sein de l’écosystème des maladies infectieuses travailleront conjointement, i) le Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), unité de recherche d'excellence rattachée à l'Université Claude Bernard de Lyon 1 (UCBL), ii) bioMérieux SA, leader mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis 60 ans et iii) les Hospices Civils de Lyon (HCL), deuxième centre hospitalo-universitaire de France.

Le lien profond entre ces 3 institutions lyonnaises de renom a été officiellement scellé il y a 20 ans avec la création d’une unité de recherche mixte regroupant bioMérieux-Hospices Civils de Lyon et UCBL-1. Cette unité réunit des collaborateurs de bioMérieux avec des scientifiques, des biologistes, des chercheurs et des médecins du secteur public et accueille un nombre important de stagiaire, étudiant master et doctorant. L'objectif de cette collaboration est de mener à bien des projets innovants en s'appuyant sur les expertises complémentaires de chacun des partenaires et de conduire ces travaux de recherche à une approche « bench to bedside ».
Au cours des 20 dernières années, cette équipe transversale a pu développer une expertise internationalement reconnue dans le suivi des patients atteints de maladies infectieuses, appuyée par des compétences technologiques telles que la métagénomique, la transcriptomique et la protéomique. L’ensemble étant illustré par l’important nombre d’articles scientifiques et brevets publiés par l'équipe (> 150 articles depuis 2010, > 20 brevets). Il ne fait donc aucun doute que cette unité mixte dispose de l’expertise et de toutes les forces complémentaires nécessaires pour mener efficacement le projet REVIDA et atteindre ses ambitieux objectifs.
REVIDA vise à positionner la France à la pointe de la prise en charge des infections respiratoires et de la préparation aux potentielles nouvelles pandémies, renforçant ainsi son rayonnement au niveau européen et international tant sur le front de la recherche que sur le partenariat public-privé nécessaire à son aboutissement.
En proposant un programme de recherche multidisciplinaire et en abordant les problèmes de santé publique les plus préoccupants, REVIDA apportera ainsi une importante contribution à l'innovation dans les domaines de la recherche et de l’industrie biotechnologique.