Impact des données génomiques sur le contrôle des maladies des mollusques marins – IDEAL

Les maladies infectieuses représentent l'une des principales causes de morbidité humaine et animale. Elles ont des répercussions sur l'économie, la santé publique et vétérinaire ainsi que sur l'environnement. La surveillance des maladies infectieuses repose traditionnellement sur l'analyse de données de cas, recueillies au fur et à mesure que l'épidémie progresse. Cependant, des questions clés telles que la détection et la caractérisation des agents pathogènes, leur dynamique de transmission spatio-temporelle ainsi que l'identification des facteurs déterminants, peuvent désormais être traitées avec beaucoup plus de précision grâce aux avancées récentes en matière de séquençage, de phylodynamie et de phylogéographie du paysage. Les données de séquences sont d'ailleurs largement utilisées pour comprendre les épidémies affectant l'homme. Bien qu’elles le soient moins pour les agents pathogènes vétérinaires, et en particulier marins, elles devraient rapidement jouer un rôle majeur dans l'élaboration de stratégies pour leur contrôle. Ici, nous proposons donc d’évaluer le potentiel et la faisabilité de la surveillance et de l’épidémiologie moléculaire dans le contrôle des agents pathogènes de mollusques marins. Nous prendrons pour exemple l’herpesvirus OsHV-1 qui cause chaque année, en France et dans le monde, des mortalités de masse chez l’huître creuse.
Tout d’abord, à l'aide de simulations spatio-temporelles d'épidémies, nous quantifierons la contribution des données moléculaires pour la caractérisation des facteurs qui influencent la propagation spatiale des agents pathogènes de mollusques marins, par rapport aux données empiriques. Pour cela, différentes approches analytiques de modélisation spatiale et phylogéographie du paysage seront comparées entre elles afin de déterminer dans quelles conditions (ex : design et effort d’échantillonnage) celles-ci sont pertinentes et efficaces. Nous fournirons ainsi des lignes directrices pour une utilisation systématique.
Dans un second temps, les résultats seront confrontés et appliqués à un ensemble de données d’occurrences et génomiques du virus OsHV-1, qui seront collectées et générées dans le cadre du projet. De nombreux facteurs liés à l’hôte, climatiques, environnementaux et anthropogéniques seront testés comme prédicteurs de la diffusion spatiale d’OsHV-1 en France.
Enfin, les inférences issues de l’analyse de ces données seront intégrées à des modèles épidémiologiques dans l’objectif de produire un système d’aide à la décision pour la gestion des maladies des mollusques marins.