Symbiose hote-microbote et adaptation bactérienne dans l'environnement intestinal – BACFIT

Une incidence croissante de désordres inflammatoires chroniques, de type maladies métaboliques et inflammatoires du tube digestif, accompagne l'industrialisation. Alors que le microbiote intestinal joue un rôle majeur en santé humaine, les désordres inflammatoires sont caractérisés par une diminution de la diversité bactérienne, notamment en espèces à effets bénéfiques pour l'hôte au profit d'espèces pathogènes opportunistes. Face au nombre limité de solutions thérapeutiques curatives, apparait un intérêt croissant pour des stratégies visant à moduler le microbiote. Cependant, un faisceau croissant de données suggère que ces modifications du microbiote pourraient être dues au changement des habitudes alimentaires dans les pays industrialisés. Ainsi, la complexité de l'écosystème intestinal représente un défi majeur pour décrypter les mécanismes qui régissent les interactions hôte-microbiote et comprendre comment intervenir pour promouvoir ou restaurer le développement de bactéries bénéfiques.
Grâce à l'utilisation de modèles originaux de souris sans germe, immuno-déficientes ou non, colonisées par une bactérie commensale modèle : la bactérie segmentée filamenteuse (SFB) - une bactérie fortement immuno-stimulatrice chez la souris, aussi identifiée chez l'homme - et grâce à la combinaison d'approches de gnotobiologie, transcriptomique et métagénomique, le projet BACFIT vise à étudier i) les mécanismes moléculaires des interactions symbiotiques entre hôte et bactérie et, ii) comment les interactions bactériennes et le régime alimentaire influencent l'adaptation bactérienne et les fonctions de l'hôte. Ce projet nous permettra non seulement d'obtenir de nouvelles données sur la biologie de la SFB et son adaptation à l'environnement intestinal, mais aussi d'identifier de façon beaucoup plus générale des pistes pour mieux comprendre les mécanismes de sélection et les étapes critiques du développement d'un microbiote bénéfique pour l'hôte.