Séquence ADN et détermination du positionnement des nucléosomes chez les mammifères – NucleoSeq

Les nucléosomes, les unités élémentaires de la chromatine, sont constitués de ~146pb d'ADN entourées autour de 4 protéines histones (H3, H4, H2a, H2b) assamblées en tant qu'octamère. Etant donnés leur espacement tous les ~200pb et qu'ils occupent 90% du génome, les nucléosomes affectent toutes les transactions de l'ADN (transcription, réplication, mitose, réparation). Alors que le rôle de la séquence d'ADN dans le recrutement de facteurs de transcription qui vont à leur tour recruter des modificateurs des histones pour réguler l'activité des génomes est relativement bien compris, celui dans le positionnement des nucléosomes reste une question clef non-résolue. Partiellement adressée dans des génomes simples tels que celui de la levure, cette question représente un défi majeur pour des grands génomes comme ceux trouvés chez les mammifères. Aujourd'hui, il est communément accepté que les nucléosomes sont organisés au niveau des régions actives (gènes, promoteurs, "enhancers") et distribués aléatoirement dans le reste du génome. Ce modèle est dépendant de trois limitations: 1/ le manque de données suffisamment résolutives, 2/ le peu de données disponibles sur de longues molécules d'ADN uniques, 3/ l'absence de méthodes computationnelles appropriées pour inférer les principes centrés sur l'ADN pour organiser les nucléosomes. Avec ce projet, NucleoSeq, nous allons combiner notre expertise expérimentale et théorique pour cartographier les nucléosomes à haute résolution et développer des outils d'intelligence artificielle, afin de découvrir les bases génétiques déterminant le positionnement des nucléosomes.