Un panel de lignées consanguines pour démêler les facteurs génétiques et non génétiques du microbiote et de la capacité vectorielle d'Aedes aegypti – PILGRIM

Le projet a combiné travail de terrain, élevage en insectarium, analyses génétiques et expériences en laboratoire. Des moustiques ont été collectés à Cayenne en Guyane pour initier le processus de consanguinité par accouplements frère-sœur sur plusieurs générations. Le suivi génomique a été effectué par séquençage complet du génome et complété par le développement d'un panel d'amplicons pour un génotypage haut-débit économique. Une collaboration étroite entre l'Institut Pasteur de Paris et celui de la Guyane a garanti la réussite de la chaîne expérimentale, de la collecte sauvage à la caractérisation génétique et phénotypique des lignées.

Le projet PILGRIM a réussi l'établissement de lignées consanguines d'Aedes aegypti issues d'une population sauvage, une première mondiale. Ce panel unique est actuellement exploité pour mesurer l'effet du génotype sur la compétence vectorielle pour le virus de la dengue et les effets combinés de la génétique de l'hôte et des bactéries environnementales sur la composition du microbiote et le développement des moustiques. Les premières analyses confirment une variabilité génétique significative entre les lignées pour la sensibilité au virus de la dengue et pour la vitesse de développement en conditions microbiennes contrôlées. Un résultat majeur est le développement et la validation d'un outil de génotypage haut-débit par séquençage ciblé d'amplicons, publié en 2026. Cet outil offre une alternative économique au séquençage complet pour la surveillance génomique. Le suivi de l'évolution génomique durant la consanguinité a généré des données inédites sur la dynamique de l'hétérozygotie, faisant l'objet d'une publication à venir. Le projet a ainsi démontré la faisabilité technique d'un panel génétique de référence pour Aedes aegypti et fourni un outil de génotypage immédiatement utilisable par la communauté.

Les travaux du projet PILGRIM pourront s'étendre à d'autres arbovirus (Zika, chikungunya) et d'autres traits d'histoire de vie des moustiques . L'outil de génotypage haut-débit développé sera déployé pour la surveillance des populations sauvages dans les pays endémiques.

Aedes aegypti est le principal moustique vecteur de plusieurs arbovirus d'importance médicale. Sa capacité vectorielle est influencée par de nombreux facteurs génétiques et environnementaux, notamment le microbiote. Démêler les déterminants génétiques et non génétiques du microbiote et de la capacité vectorielle d'Ae. aegypti est actuellement limité par le manque d'outils génétiques. Nous proposons d'établir le premier panel génétique d’Ae. aegypti en créant des lignées consanguines issues d'une population naturelle en Guyane. Nous utiliserons ce panel pour étudier l’effet de la consanguinité sur l’évolution du génome et du microbiome ainsi que la base génétique du microbiote et de la capacité vectorielle. Les connaissances générées aideront au développement de nouvelles stratégies entomologiques contre les arbovirus émergents. Elles poseront aussi les fondations d’un futur panel génétique de référence pour Ae. aegypti qui serait une ressource de grande valeur pour la recherche en génétique quantitative.