Influence de la taille efficace des populations sur l'architecture des génomes animaux – NeGA

L’origine de la complexité génomique des eucaryotes demeure largement débattue. En 2003, Michael Lynch a proposé que cette complexité ait une origine non-adaptative, les traits génomiques étant contrôlés par un équilibre entre l’apparition de variants faiblement délétères et leur taux de fixation. En vertu de cette hypothèse, la taille efficace de la population (Ne) contrôlerait cet équilibre et serait donc le premier facteur régulant l’architecture des génomes. Bien que très populaire, l’hypothèse de Lynch a été très peu testée empiriquement. Dans le projet NeGA, nous exploiterons des données génomiques issues d’espèces proches mais contrastées en Ne et ce pour 5 groupes d’animaux différents. Nous évaluerons l’influence de Ne sur la taille des génomes et sur la dynamique des éléments transposables. Nous testerons ensuite l’influence de Ne sur la structure des gènes (nombre et taille des introns) et sur la complexité de la transcription (nombre et fréquence des transcrits alternatifs). En parallèle, nous utiliserons des outils de simulation et de modélisation pour comprendre les conditions dans lesquelles la théorie de Lynch échoue, afin, in fine, de redéfinir les contours de cette théorie.