Recherche de pathogènes émergents en Afrique – MALEMAF

L’installation d’un laboratoire en zone rurale à Dielmo comprenant des tests de diagnostic rapide principalement par des techniques de PCR, sera réalisée. Les échantillons testés consisteront principalement en quelques gouttes de sang. Le résultat des analyses sera disponible en un maximum de trois heures et rendra possible l’ajustement du traitement ainsi que la définition des conditions clinico-épidémiologiques des infections diagnostiquées.

Toute l’infrastructure nécessaire du laboratoire « Point-Of-Care » a été mis en place à Dielmo.
Des mix lyophylisées ciblant différentes bactéries émergentes ont été développés et sont fonctionnelles sur place. Nous avons pu commencer à identifier des cas d’infections à B. crocidurae, R. felis, Bartonella spp., C. burnetii et T. whipplei (0.2%). Cela a permis de traiter les patients de manière spécifique et efficace et de détecter un nouveau tableau d’infection due à R. felis.

L’objectif final de ce travail est d’évaluer un laboratoire expérimental installé dans 9 m2, réfrigéré, susceptible d’être transporté et de pouvoir réaliser le diagnostic des infections bactériennes en plus du paludisme, de la grippe et de la dengue. La réalisation d’un tel projet devrait changer l’approche du diagnostic et de la prise en charge des infections dans les Pays du Sud de manière radicale.

2 articles sont en cours de soumission, le 1er présente les données préliminaires du laboratoire « Point of Care » et le 2ème présente un nouveau tableau clinique lié à R. felis.
Sokhna C, Mediannikov O, Fenollar F, Bassene H, Diatta G, Tall A, Trape JF, Drancourt M, Raoult D. Point of Care diagnostics of emerging pathogens in rural Senegal.
Mediannikov O, Fenollar F, Bassene H, Tall A, Sokhna C, Trape JF, Raoult D. Description of “Yaaf”, the vesicular fever caused by Rickettsia felis.

Les techniques de diagnostic en bactériologie dans le temps du soin sont entrain de rapidement évoluer avec la mise en place d’un diagnostic moléculaire rapide ciblant spécifiquement certains microorganismes. Il est fort possible que dans les pays pauvres émergents, les stratégies de culture du 20ème siècle, techniques spécialisées et lourdes, ne seront jamais installées mais seront remplacées par des techniques moléculaires.
Nous voulons réaliser le développement expérimental d’un “Point-of-Care” moléculaire situé dans un secteur rural éloigné du Sud du Sénégal : les villages de Dielmo et Ndiop dans la région du Siné-Saloum. Le travail sera effectué au sein d’une plateforme d’étude et de suivi longitudinal installée pour l’étude du paludisme depuis 20 ans. Un travail a récemment débuté avec le début de l’établissement d’un répertoire bactérien de microorganismes associées aux fièvres non paludéennes dans ces deux villages depuis deux ans. En plus, une étude sur les risques environnementaux (eau, arthropodes, animaux) a aussi été entreprise. Ceci a permis d’identifier les pathogènes associés à 30 à 50% des fièvres: Tropheryma whipplei, Rickettsia felis, Rickettsia conorii, Coxiella burnetii, et Borrelia crocidurae.
Les travaux faisant l’objet de ce projet sont :
(1) Initialement, l’installation d’un laboratoire en zone rurale à Dielmo comprenant des tests de diagnostic rapide, permettant le diagnostic dans le temps du soin principalement par des techniques de PCR quantitative en temps-réel mais aussi d’immunodétection. Les échantillons testés consisteront principalement en quelques gouttes de sang, et éventuellement un écouvillon pharyngé ou un écouvillon d’escarre cutané. Le résultat des analyses sera disponible en un maximum de trois heures et rendra possible l’ajustement du traitement ainsi que la définition des conditions clinico-épidémiologiques des infections diagnostiquées.
(2) Dans le même temps, le répertoire des infections bactériennes seront étendues à plusieurs autres plateformes du Sénégal supervisées par l’Unité de Recherche des Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), afin d’évaluer, environ 1.000 épisodes fébriles, ainsi que l’incidence des infections bactériennes zoonotiques.
(3) Dans un troisième temps, l’évaluation directe de ces échantillons et l’augmentation des diagnostics potentiels seront effectués à Dielmo.
L’objectif final de ce travail est d’évaluer un laboratoire expérimental installé dans 9 m2, réfrigéré, susceptible d’être transporté et de pouvoir réaliser le diagnostic des infections bactériennes, causant 50% de fièvres non paludéennes, en plus du paludisme, de la grippe et de la dengue. La réalisation d’un tel projet devrait changer l’approche du diagnostic et de la prise en charge des infections dans les Pays du Sud de manière radicale.