Construction d’une banque BAC de cacaoyer Criollo ; séquençage et analyse bioinformatique des extrémités de BAC – CACAOBAC

La constitution de ressources moléculaires telle que la construction d’une banque BAC et le séquençage des extrémités de BAC représente un préalable important permettant de faciliter l’assemblage et l’orientation des contigs lors du séquençage de génomes complets. Dans l’objectif de séquencer le génome du cacaoyer (variété Criollo), dans le cadre d’un consortium international, ce projet vise à constituer 2 (6X) banques BAC et à séquencer leurs extrémités pour constituer une telle ressource moléculaire. Une base de données sera constituée pour stocker et exploiter l’information contenue dans ces séquences par des analyses bioinformatiques. Theobroma cacao est une espèce ligneuse fruitière diploide (2n=2x=20) possédant un petit génome (380Mb). Elle appartient à la famille des Malvales proche de l’espèce modèle A. thaliana. La variété « ancienne » de Criollo est autocompatible et a une base génétique très étroite. Elle est représentée par des individus complètement homozygotes représentant de bons candidats pour le séquençage complet du génome de T.cacao. La variété Criollo est la première variété de cacaoyer à avoir été domestiquée il y a plus de 2000 ans par les Maya et les Aztèques. Elle constitue à présent l’une des 2 variétés de cacaoyer aromatiques, avec la variété Nacional d’Equateur, qui donne un chocolat fin très recherché par les chocolatiers, et qui est acheté à un prix supérieur sur le marché international. Elle représente ainsi une niche économique importante pour plusieurs pays d’Amérique latine, d’Amérique centrale et des Caraïbes. Elle est cependant sensible à un grand nombre de maladies, et la création de nouvelles variétés Criollo productives, résistantes aux maladies, et gardant les mêmes qualités sensorielles que la variété ancienne, passe par une meilleure connaissance des bases génétiques et moléculaires de ces caractères d’intérêt. Le séquençage complet du génome de T. cacao sera un apport déterminant pour l’amélioration de cette espèce et de la variété Criollo en particulier. Deux banques BAC (6X) seront construites à partir d’un individu homozygote Criollo. Le séquençage des extrémités de BAC sera réalisé par le Genoscope. Une base de données sera élaborée pour stocker et exploiter ces séquences. L’analyse bioinformatique de ces séquences permettra d’avoir une première vision d’ensemble de la structure du génome du cacaoyer, et en particulier de l’importance des séquences répétées et de la densité de gènes. L’annotation de ces séquences sera faite en comparaison avec notre base de données d’EST récemment produite ainsi qu’avec les bases de données internationales. La proximité phyllogénétique de T. cacao avec A. thaliana permettra de réaliser des études de microsynténie entre les 2 espèces, qui pourront être faites à partir des paires de séquences d’extrémités de BAC de cacaoyer. Ce projet apportera une connaissance accrue du genome du cacaoyer permettant d’améliorer de façon plus efficace et plus durable les variétés de cacaoyer, source de devises importante pour les pays en voie de développement et pour 14 millions de petits planteurs.