Analyse du transcriptome des interactions entre le blé et le champignon pathogène Septoria tritici (Mycosphaerella graminicola) – TWIST

Le blé est une des plantes les plus cultivées et les plus consommées dans le monde. En effet,le blé correspond à environ 35% des besoins alimentaires mondiaux actuels et il est attendu que la demande en blé augmente fortement au cours des prochaines décades. Les maladies fongiques sont un problème majeur pour la production de blé. Parmi celles-ci, la septoriose (STB) provoquée par le champignon, Septoria tritici (ST, syn. Mycosphaerella graminicola)est responsable de graves dommages foliaires et d’importantes pertes de rendement en Europe. Jusqu’à présent, la lutte contre cette maladie dépend principalement de traitements fongicides. Cependant, ces traitements sont de moins en moins efficaces. En effet, l’apparition depuis 2003 de souches de S tritici fortement résistantes aux strobilurines en Europe et la perte progressive de la sensibilité aux triazoles des populations Européenes de S tritici rendent moins efficace les traitements fongicides (Maufras et al., 2006). Cette perte d’efficacité des traitements fongicides nécessite de développer des méthodes de lutte alternatives. De plus, les nouvelles directives Européennes ont pour objectif de réduire les traitements phytosanitaires de 50% in 2012. Ces évolutions récentes (perte d’efficacité des fongicides, nouvelles législation) ont conduit à un regain d’intérêt pour l’utilisation de cultivars de blé résistants à cette maladie. Cependant, la plupart des cultivars de blé actuels sont sensibles à cette maladie (Bernicot, 2006). Cette situation conduit les entreprises de sélection Européennes à considérer la résistance à la septoriose comme un critère prioritaire de sélection du blé pour la résistance aux maladies. Un investissement important est donc nécessaire pour mieux comprendre cette maladie et ses interactions avec le blé (TWIST) et identifier/caractériser les résistances génétiques du blé (complète, partielle) à cette maladie (FSOV 2006 et 2008). Ces études sont un a priori nécessaire pour pouvoir utiliser ces résistances dans les programmes de sélection. Le projet TWIST a pour objectif d’accroitre nos connaissances des interactions entre le blé et S. tritici en utilisant des approches de génomique fonctionnelle. Le projet TWIST se propose de réaliser des expériences de transcriptomique à grande échelle des tissus de blé infectés afin d’identifier les gènes du blé et du champignon exprimés au cours de l’infection. Cette analyse conduira à des ensembles pertinent de gènes présentant des profils d’expression soit caractéristique des interactions résistantes et ou susceptibles. Les gènes dont l’expression est associée soit aux réactions de résistance du blé à la septoriose, soit aux conditions de susceptibilité permettront de définir des ensembles de gènes candidats qui seront utiles pour le développement de projets sur le contrôle génétique de la résistance du blé à cette maladie (marqueurs physiologiques de la résistance ou de la sensibilité, gènes candidats pour le développement de plantes transgéniques, gènes liés aux QTL de résistance). Les gènes fongiques identifiés dans TWIST permettront d’identifier des facteurs potentiellement impliqués dans la pathogénie (effecteurs) ou des marqueurs de la réponse fongique aux réactions de défense de la plante.