Utilisation du déséquilibre de liaison par le logiciel MCQTL – GENOPLANTE

Un but de la cartographie génétique est de cloner les gènes responsables des différences génétiques entre les individus. Avec l’efficacité croissante du séquençage de l’ADN, de plus en plus d’informations sur le polymorphisme sont disponibles. Elles peuvent permettre d’affiner la cartographie de QTL si des méthodes mathématiques et les logiciels efficaces sont développés. L’analyse de liaison classique dans les pedigrees connus a une puissance et une résolution limitées par le faible nombre d’évènements de recombinaison dans les données. Pour augmenter ce nombre et mieux explorer la diversité allélique, des dispositifs multi-parentaux ont été mis en place. Les partenaires du projet ont développé un logiciel flexible GENOPLANTE©MCQTL pour analyser ce type de dispositif. Cependant, un nombre de parents importants dans le dispositif peut nuire à la puissance de détection. D’autre part, le déséquilibre de liaison est le résultat de l’histoire évolutive d’une population. Les configurations alléliques observées reflètent donc le grand nombre de recombinaisons qui a eu lieu dans la population. Malheureusement, ces patrons alléliques dépendent fortement de l’histoire démographique. L’objectif du projet est d’incorporer dans MCQTL le déséquilibre de liaison par le biais de la construction (i) d’une matrice de similarité entre les parents du dispositif qui reflète la probabilité de partager un même allèle ancestral ou (ii) d’un graphe dans lequel on pourra suivre la ségrégation des allèles ancestraux. Comme cette information généalogique dépend fortement de l’histoire évolutive des parents, nous nous focaliserons sur des scénarios utiles aux améliorateurs des plantes. Des simulations intensives et l’analyses de données expérimentales seront menées afin de quantifier les améliorations permises par le déséquilibre de liaison.