– AvirLep

L’ascomycète Leptosphaeria maculans est responsable de la principale maladie du colza (Brassica napus) : la nécrose du collet (ou Phoma). De nombreux outils et ressources sont aujourd’hui disponibles pour ce champignon, incluant la séquence complète du génome, finalisée en janvier 2007 (collaboration Génoscope). La maladie est principalement contrôlée par des résistances variétales, mais les gènes majeurs de résistance (gènes Rlm) sont généralement contournés suite à la sélection de souches du champignon portant des mutations dans les gènes d’avirulence correspondants (ou effecteurs ; AvrLm). Le clonage de gènes AvrLm a donc une importance particulière pour comprendre les mécanismes moléculaires de leur évolution sous pression de sélection, pour prédire la durabilité potentielle des Rlm correspondants, pour évaluer le rôle des AvrLm dans la fitness et l’agressivité de L. maculans, et pour générer de nouveaux outils de sélection variétale et de gestion durable des résistances chez le colza. Ce projet, impliquant cinq partenaires aux expertises complémentaires, prend avantage de la disponibilité de la séquence complète de L. maculans pour identifier les gènes AvrLm correspondant à de nouvelles résistances, et des régions génomiques (QTLs) impliquées dans l’agressivité du champignon. Les AvrLm seront cartographiés après saturation de la carte de L. maculans à l’aide de marqueurs minisatellites déduits de la séquence génomique, puis ils seront clonés et caractérisés. La co-localisation de gènes AvrLm avec les QTLs d’agressivité mis en évidence donnera une première indication de leur incidence sur la fitness fongique. Les séquences des gènes AvrLm permettront de définir des marqueurs de suivi des populations qui seront validés au champ. Enfin, la disponibilité de ces gènes nous permettra de construire des souches quasi-isogéniques pour un unique gène AvrLm, utilisables lors de la sélection variétale pour l’identification et le suivi des gènes Rlm correspondants, ou pour poursuivre l’étude du rôle de chaque AvrLm dans la fitness fongique.