Plate-forme intégrative en génomique : interopérabilité entre les bases de données, les banques de données et les outils, mise en place d’un environnement collaboratif de développement logiciel, support de projets scientifiques de grande envergure. – GnpIntegr

Genoplante-Info est une plate-forme bioinformatique au service de la communauté génomique végétale. Elle centralise, intègre et analyse les données et fournit des outils à ses utilisateurs depuis maintenant 7 années. Son système d’information GnpIs a permis aux chercheurs de mettre en évidence des cibles pour des recherches de gènes candidats, de synthétiser dans une même interface graphique des données de cartes génétiques avec des données publiques et privées, de mettre en évidence des co-localisations entre des gènes et des QTLs, de gérer des listes de gènes surexprimés et sous exprimés issus d’analyse d’expériences de transcriptomique et de pouvoir lister et voir graphiquement positionnés sur le génomique tous les allèles d’un gène dans un ensemble de lignées étudiées. Ce système d’information repose sur une plateforme informatique robuste matérielle et logicielle qui doit évoluer pour assurer l’arrivée continuelle de nouveaux projets. Les nouveaux résultats obtenus dans les programmes ont mis en évidence le besoin actuel urgent de lier les données de génomique avec des données de diversité moléculaire pour permettre la découverte de nouveaux allèles d’intérêt. L’intégration des données et la réalisation de l’interopérabilité est à présent devenue une étape cruciale qui doit se traduire par un ajout de nouveaux modules à l’entrepôt de données génomique mais également par une meilleure interaction et la création de liens entre les modules. La réalisation de cette interopérabilité est un projet ambitieux qui ne peut être effectuée que par la mise en place d’une organisation sur la plateforme permettant l’accueil de projets scientifiques, le suivi des projets et la mise en place d’un environnement de travail collaboratif entre les bioinformaticiens de la plateforme, les bioinformaticiens locaux et les biologistes responsables des projets. Cela passe aussi par un renforcement dans l’utilisation des média de communication, par un serveur Web au contenu riche et de consultation conviviale, avec un maximum de tutoriaux, et la mise en place de formation aux outils de la plateforme pour en tirer son exploitation maximale.