Plate-forme d’annotation structurale, fonctionnelle et comparative dédiée aux génomes de plantes et de leurs bioagresseurs – GnpAnnot

Les produits végétaux sont la source majeure de l’alimentation. A l'échelle mondiale, environ 30% des cultures sont perdues à cause des insectes nuisibles et des pathogènes. Face à ces enjeux, un effort considérable est accompli pour le décryptage des génomes de plantes et de leurs bioagresseurs. L’annotation de gènes est l’étape primordiale de l’analyse de séquences nucléiques et nécessite de définir la structure des gènes, la fonction des protéines et les relations d’homologie. Même s’il existe de grandes variations entre les espèces eucaryotes, on retiendra que l’annotation des génomes est difficile pour plusieurs raisons : polyploïdie, proportion importante de régions non codantes et de régions répétées, structure des gènes morcelée en intron/exon. Des logiciels de prédiction automatique de gènes ont été développés mais ils ne peuvent remplacer l’annotation manuelle si l’on veut des annotations de haute qualité. Aucun des systèmes développés pour gérer cette masse d’information n’offre l’ensemble des fonctionnalités requises à savoir : (i) annotation manuelle structurale, fonctionnelle et comparative de gènes eucaryotes, (ii) base de données, pipelines d’analyse et interfaces Web annotateur, (iii) généricité, modularité, portabilité, durabilité et compatibilité. Le CIRAD, l’INRA et Bioversity International qui ont déjà travaillé ensemble, proposent de mutualiser leurs moyens et leur savoir-faire pour développer et utiliser une plate-forme qui permettra aux utilisateurs d’annoter automatiquement et manuellement les génomes, de naviguer dans ces génomes et d’effectuer des comparaisons entre génomes. Le travail sera organisé en cinq lots de travaux : (i) gestion de base de données, (ii) développement d’interfaces annotateur, (iii) interopérabilité avec d’autres systèmes, (iv) exploitation des séquences et mise en production de la plate-forme et (v) annotation manuelle et validation de la plate-forme. Cette plate-forme sera exploitée immédiatement dans le cadre de projets de séquençage identifiés étudiant la structure et l’évolution de génomes et/ou recherchant des gènes d’intérêt agronomique. Quatre instances de la plate-forme seront mises en production sur trois sites : monocotylédones (Montpellier), insectes (Rennes), champignons (Evry) et blé-vigne (Evry).