– RARE

Les microorganismes représentent le plus vaste réservoir de diversité génétique sur notre planète mais il est communément admis que la grande majorité n'est pas accessible en raison de l'impossibilité de les isoler sous forme de cultures pures. De plus, l'établissement d'inventaires phylogénétiques ne permet pas une compréhension suffisante du fonctionnement des écosystèmes car les génomes d'organismes individuels constituent une mosaïque des gènes d'héritages divers. Aucun organisme ne contient donc à lui seul tous les gènes permettant le fonctionnement d'une communauté microbienne. - Ces 10 dernières années, le developpement considérable des méthodes de la génomique a conduit à la caractérisation de nombreux microorganismes pathogènes pour l'homme. Plus récemment, en particulier au sein de laboratoires américains, ces outils ont été mis a profit dans le contexte de l'écologie microbienne. Le perfectionnement des technologies employées permet maintenant d'aborder l'analyse des écosystèmes dans leur globalité. - L'objectif de notre projet est d'explorer, à l'aide d'une approche de génomique intégrée, la diversité fonctionnelle des microorganismes présents dans un écosystème contaminé par l'arsenic et sa dynamique en fonction de variations spatiales et temporelles. Un accent particulier sera mis sur l'étude des organismes non ou difficilement cultivables, en particulier les bactéries sulfato-réductrices qui interviennent dans la structure et la composition des communautés microbiennes présentes dans l'environnement étudié. - Ce programme reposera sur la mise en œuvre d'approches pluridisciplinaires associant des groupes présentant une expertise reconnue en microbiologie, génomique, écologie et géochimie. Il s'articulera autour de 4 axes principaux qui permettront de dresser un inventaire détaillé des communautés microbiennes de l'écosystème (microbiome), de définir de manière précise les paramètres physico-chimiques du site étudié et l'accumulation des métabolites par les microorganismes (métabolome) et de caractériser la diversité des gènes de fonction (métagénome) et des protéines (métaprotéome) des organismes présents. - Les résultats obtenus devraient fournir une image intégrée de la diversité des mécanismes impliqués. Ils devraient permettre ainsi de mieux appréhender la complexité de ces écosystèmes et donc d'en prévoir plus aisément les perturbations en réponse à des variations des facteurs.