– COTTON RILS

Le coton (Gossypium sp.) est la source principale de fibre textile naturelle et constitue une base importante dans les économies des pays développés ou en développement. Les possibles applications des biotechnologies végétales (transgénèse, génomique, transcriptomique) et de la sélection assistée par marqueurs offrent de plus en plus de perspectives de solutions aux contraintes de production (biotiques et abiotiques) et à l’amélioration de la qualité de la fibre. L’objectif principal de ce projet est la dissection par une approche combinant génétique et génomique de la qualité de fibre de coton. La recherche combinée de QTL phénotypiques « classiques » et de QTL d’expression (eQTL) permettra d’identifier des gènes candidats impliqués dans le déterminisme de la qualité de la fibre. Le projet s’appuie sur l’étude d’une population de 140 lignées recombinantes issues d’un croisement interspécifique G. hirsutum x G. barbadense créée au CIRAD et qui sera conjointement étudiée par chaque partenaire. Les partenaires et leurs contributions sont : - le CIRAD et Bayer CropScience pour les génotypages (microsatellites et AFLP respectivement), et l’accès à des terrains pour les phénotypages (au Brésil et au Sénégal grâce à des partenaires du CIRAD et aux USA pour Bayer ) le CSIRO et le CIRAD pour des études d’expression de gènes de qualité de fibre et la cartographie de QTL d’expression (eQTL). Les études d’expression réalisées sur les ADNc des individus de la population se feront soit par hybridation de microarray (CSIRO) soit par ADNc-AFLP quantitative (CIRAD). Ce projet affiche une synergie de compétences entre des partenaires reconnus internationalement ; il associe des laboratoires qui appartiennent au secteur public et au secteur privé. Les activités proposées dans ce projet sont innovantes car elles constitueront la première tentative d’utiliser chez le cotonnier une population de lignées recombinantes dans une approche intégrant génétique et génomique en vue de l’identification de gènes impliqués dans la qualité de la fibre. Les marqueurs ou gènes candidats identifiés amélioreront les possibilités pour les sélectionneurs to créer de nouvelles variétés performantes (productives et de haute qualité de fibre), en tirant partie du fait que les 3 partenaires sont activement impliqués dans des programmes de création variétale.