– LEGOO

La biologie intégrative est une approche de la biologie issue de la révolution technologique qui a rendu possible le décryptage des génomes et l'analyse fonctionnelle globale. Le rapport Biologie Intégrative Végétale , remis à la direction de l'INRA par André Charrier et ses collaborateurs, formalise cette nouvelle approche en soulignant 3 axes d'intégration de la connaissance en biologie. Le premier correspond à donner du sens aux données produites en masse par la génomique notamment; le deuxième correspond aux différents niveaux d’organisation (du génome à la plante entière par exemple) et aux propriétés émergentes des systèmes complexes ; le troisième met en évidence l'importance de l'approche comparative inter espèces, en particulier pour le transfert des connaissances à partir des espèces modèles vers les espèces d'intérêt agronomique. Le présent projet propose la mise en place d'un portail bioinformatique dédié à l'étude des légumineuses pour accompagner les chercheurs, et à terme les sélectionneurs, vers une biologie plus intégrative. Ce projet s'inscrit dans la continuité de notre implication dans le projet de séquençage et d'annotation du génome de Medicago truncatula (et précédemment d’ESTs de cette espèce) et a pour objectif de mettre en place un environnement bioinformatique focalisé sur le transfert de connaissance à partir de : i) l'annotation et l'analyse comparative des génomes de légumineuses ii) l'intégration des cartes génétiques des espèces d'intérêt agronomique (pois, luzerne) avec les données de séquences obtenues chez les espèces modèles iii) la structuration et la représentation des connaissances générées par les approches transcriptomiques et protéomiques pour les rendre interprétables et utilisables par des scientifiques non molécularistes (ex: eco-physiologistes). La France est l'un des pays européens où la culture des légumineuses est la plus développée et l'un des contributeurs majeurs au projet de séquençage et d'annotation de Medicago truncatula. La plateforme bioinformatique que nous proposons de mettre en place serait pour la communauté légumineuse française et européenne une ressource majeure pour l'exploitation optimale des données et des connaissances.