– THALER

Le projet a pour objectif de développer une plateforme de simulation moléculaire pour le calcul de haute performance sur les architectures massivement parallèles. Un aspect particulier est la création d'une bibliothèque pour les opérations numériquement intensifs qui, grâce à une interface standardisée, permet d'y adapter des codes de simulation différents. Les codes qui seront adaptés dans le cadre du projet sont (1) MMTK, (2) DMMD, (3) ISD. Les développeurs de ces codes participent au projet. Un deuxième volet des activités concerne l'analyse de trajectoires de dynamique moléculaire en vue d'une confrontation avec différentes techniques expérimentales : diffusion de neutrons, résonance magnétique nucléaire et biocristallographie. Partant d'un code existant et bien établi, nMoldyn, qui a été développé par le partenaire pilote, nous allons implémenter et tester des algorithmes d'analyse parallélisées. Une particularité du projet est l'association de groupes d'experts renommés en calcul de haute performance : IBM France, NIC Computing Center (FZ Jülich, Allemagne), CCP5 (Daresbury Laboratory, UK).