– BIEP

L’environnement bioinformatique de Génoplante repose sur un partenariat étroit entre les différentes équipes bioinformatiques des acteurs privés et publics. Rappelons que cet environnement a comme objectif principal de mettre en place les outils pour l’analyse de données génétiques et génomiques obtenues sur les espèces végétales cultivées (maïs, blé, coton) et modèles (riz). Les actions entreprises dans ce projet seront de consolider les précédents développements par l’apport de nouvelles bases de données et de fonctionnalités pour l’analyse et le stockage de différents types d’information biologique. Les orientations principales du projet seront le développement d’outils de localisation et d’identification de gènes d’intérêt agronomique, en utilisant différentes approches : - Intégration et analyse des données fonctionnelles provenant des plateformes de transcriptome et de protéome, utilisant des technologies différentes (puces, PCR, gels …). - Intégration et analyse des données de mesure du polymorphisme obtenus par recherche de SNPs (Single Nucleotide Polymorphism). - Intégration et analyse des données génomiques, séquences, annotations structurales et fonctionnelles. Développement d’outils de visualisation et de navigation dans les données génomiques. Amélioration des outils et de l’environnement d’annotation structurale. - Intégration de Cartes génétiques, physiques, cytogénétique et génomique. - Développement d’outils de génomique comparative, calculs de synténie. - Inter-opérabilité de différents types de données et applications