Exploitation de la conservation entre espèces des séquences promotrices pour l'identification des facteurs de transcription régulateurs de la reproduction et des performances physiologiques (REGULATOR) – REGULATOR

Le projet vise à exploiter la conservation de séquence existant entre régions promotrices d’espèces apparentées afin d’identifier les motifs nucléotidiques et les facteurs de transcription impliqués dans la reproduction et les performances agronomiques. Les régions non-codantes du génome évoluent vite en règle générale, à l’exception notable des motifs reconnus par les facteurs de transcription. La comparaison des séquences orthologues situées en 5’ de gènes proches d’un point de vue évolutif est donc un outil prometteur d’identification de ces motifs. Par ailleurs, la technique du « simple hybride » mise au point chez la levure permet d’identifier les facteurs de transcription à partir des séquences qu’ils reconnaissent. Afin de démontrer l’utilité de combiner ces deux approches pour accéder rapidement aux facteurs de transcription impliqués dans un processus biologique donné, nous proposons de comparer les régions promotrices de plusieurs orthologues de gènes dArabidopsis exprimés spécifiquement au cours du développement ou lors de diverses réponses physiologiques. Les espèces considérées pour cette étude sont au nombre de six, et inclus notamment une plante d’intérêt agronomique, le chou Brassica oleracea. Les courtes séquences conservées serviront d’ « appâts » pour le criblage dans S. cerevisiae d’une banque d’ADNc représentant l’intégralité ou presque des gènes d’Arabidopsis annotés comme codant des facteurs de transcription. Après adjonction d’une étiquette, les protéines candidates seront testées in planta par immuno-précipitation de la chromatine puis hybridation sur puce à ADN des séquences piégées (« ChIP chip »), et leur fonction sera explorée par les méthodes classiques de la génétique inverse.