METAbolisme des PROCaryotes non cultivables dans les écosystèmes aquatiques – METAPROC

Un objectif important en microbiologie de l'environnement est désormais de déterminer le rôle écologique des procaryotes et la signification fonctionnelle de la grande diversité spécifique qui caractérise ces communautés ; ceci impose de déterminer les activités métaboliques des bactéries et des Archaea non cultivables. Dans ce cadre général, notre projet a pour but de constituer une première banque du métagénome des communautés eubactériennes et Archaea du lac du Bourget. Les résultats attendus de l'analyse de cette banque concernent l'obtention 1) d'une évaluation de la diversité spécifique de ces communautés afin de la comparer à celle déjà obtenue par le séquençage d'une banque d'amplifiats de 16rDNA et 2) d'une première évaluation des capacités fonctionnelles de la communauté en général et de quelques espèces eubactériennes et Archaea en particulier. Le site d'étude choisi est celui du lac du Bourget qui abrite par ailleurs plusieurs autres projets soutenus par l'INSU et par le MEDD ce qui en fait un site d'étude de référence. La première année sera consacrée à la préparation de la banque et aux travaux de séquençage alors que la seconde année concernera l'exploitation de ces séquences et la valorisation des résultats.