Diagnostic et épidémiologie moléculaires des infections à Borrelia crocidurae – BORETIC

L'identification des borrelia du groupe récurrent est rendue difficile par la très grande proximité phylogénétique de ces pathogènes émergents transmis par les tiques en Afrique et chez les voyageurs. Le projet a pour objectif de développer des outils moléculaires et immunologiques de détection, génotypage, identification des borrelia du groupe récurrent, basés sur la génomique comparative de Borrelia crocidurae et de B duttonii et B recurrentis (D. Raoult ; M. Drancourt). Ces nouveaux outils seront appliqués au diagnostic chez les patients (partenaires n°1, 3, 4, 5) et aux tiques vectrices (F. Renaud) afin de décrypter les relations borrelia-tiques-homme par les études populationnelles basées sur la structuration génétique des populations de tiques. Ce projet associe 5 équipes ayant acquis une avance au niveau international dans le domaine des borrelia du groupe récurrent, complémentaires en terme d'expertise, dont une équipe localisée au Sénégal (JF. Trape). Objectif du projet est le développement de nouveaux outils pour le diagnostic direct et sérologique et l'analyse épidémiologique moléculaire de Borrelia crocidurae basée sur la séquençage génomique de ce pathogène à leur application au diagnostic des fièvres récurrentes en pays en pays d'endémie et chez les voyageurs et l'analyse des vecteurs. Ce projet comporte 8 tâches :
- Task n°1 (T1) : séquence génomique de B. crocidurae et comparaison avec les génomes des autres espèces de Borrelia.
- Task n°2 (T2) : mise au point d'outils pour la détection moléculaire ultrasensible (séquences répétées) de B. crocidurae.
- Task n°3 (T3) : mise au point d'outils pour le génotypage (séquences variables) de B. crocidurae.
- Task n°4 (T4) : application de ces outils au diagnostic de l'infection à B. crocidurae en pays d'endémie et chez les voyageurs.
- Task n°5 (T5) : analyse du protéome de B. crocidurae basée sur la séquence de spacer génomique et analyse immunoprotéomique de B. crocidurae pour la détection d'antigènes spécifiques.
- Task n°6 (T6) : mise au point d'outils sérologiques du diagnostic de l'infection à B. crocidurae basés sur les données immunoprotéomiques.
- Task n°7 (T7) : application des outils moléculaires à la détermination de l'aire de répartition géographique des foyers de transmission et de leur dynamique évolutive.
- Task n°8 (T8) : application des outils de génotypage de B. crocidurae à l'étude populationnelle des relations génétiques et moléculaires B. crocidurae - tiques en Afrique. Identification des différentiels génétiques au sein de B. crocidurae et caractérisation de variants géographiques spécifiques.
Les résultats préliminaires comportant un premier run de pyroséquençage de la souche type de B. crocidurae. Sur le base de ce premier draft, 5 spacers ont été désignés pour le génotypage des borreliae du groupe reccurent. Egalement, un premier gel bidimensionnel comparatif des protéines de B. crocidurae a permis de spotter 1.000 spots pour la spectrométrie de masse. Le partenaire n°2 a obtenu 310 séquences du gène 16S rDNA de tiques O. sonrai prélevées dans différents foyers de transmission révélant l'existence de 5 entités génotypiques différentiés par de très fortes valeurs statistiques et a montré l'existence d'une prévalence de 30% de borrelia dans ces tiques. Les prochains résultats attendus comportent le génotypage des borrelia chez les tiques et les patients et la mise au point des tests immunologiques de détection des borrelia chez les patients.