Maladies infectieuses pouvant mener à des épidémies ou pandémies, les zoonoses sont causées par un agent pathogène se propageant, par saut d’espèces, des animaux aux humains, ou inversement. Elles se transmettent soit par contact direct avec un animal infecté, soit indirectement via les aliments, l'environnement ou un vecteur, réservoir de pathogènes, comme les moustiques ou les tiques. En quoi sont-elles un enjeu de santé publique et au cœur des approches One Health ? Tout d’abord, parce que leur prévalence et incidence ne cessent de croître, faisant fi des frontières : 60 % des maladies infectieuses humaines sont d'origine animale (Ebola, Covid-19 ou VIH), un chiffre qui atteint 75 % quand on parle de celles qui sont émergentes. Leur survenue est renforcée par les pressions anthropiques croissantes qui pèsent sur les écosystèmes : réchauffement climatique, intensification des échanges internationaux, densité humaine extrême des villes, déforestation… Leur gestion entraîne enfin des coûts sanitaires, logistiques, sociaux et économiques considérables.

Des initiatives à l’échelle nationale et internationale

En réaction aux récentes pandémies, l'initiative internationale PREZODE (PREventing Zoonotic Disease Emergence) a été annoncée par le président Emmanuel Macron en janvier 2021 lors du One Planet Summit on Biodiversity et implique plus de 1 500 scientifiques dans le monde. En parallèle, le gouvernement a bâti la stratégie nationale « Maladies infectieuses émergentes et menaces nucléaires, radiologiques, biologiques et chimiques ». Dans ce cadre de France 2030, le Cirad, INRAE et l’IRD ont été mandatés pour mobiliser la communauté scientifique française autour d’un programme de recherche dédié, le PEPR PREZODE. Situé après PREZODE sur le continuum de l’émergence, le programme Maladies infectieuses émergentes (PEPR MIE, ANRS-MIE Inserm), complémentaire, s’attelle quant à lui à la recherche clinique, sanitaire et sociétale, sur les maladies, une fois devenues des épidémies à part entière.

Problématiques sans frontière et effets en cascade

Ces changements d’échelle entre maladies locales, épidémies et pandémies sont accélérés par les transitions globales qui favorisent les contacts entre humains, animaux domestiques et faune sauvage, multipliant les risques de transmission, précise Manon Lounnas : « Comme pour le virus NIPAH, émergé en Malaisie à la fin des années 1990 : l’agriculture intensive et la déforestation à des fins économiques ont poussé les chauves-souris frugivores porteuses du pathogène à se déplacer vers des arbres fruitiers situés près des élevages porcins, entraînant la contamination chez l’homme. L'agriculture intensive, les changements d'utilisation des terres induisent aussi le déplacement de vecteurs vers de nouvelles latitudes, avec pour conséquence l’arrivée d’arboviroses en Europe, que l’on n’observait pas avant. » Les zoonoses menacent également la sécurité alimentaire lorsque des cheptels génétiquement proches se révèlent vulnérables aux pathogènes et subissent des abattages massifs. Manon Lounnas explique cela par « l’effet de dilution » : « La diversité d’une communauté d’espèces est inversement proportionnelle au risque qu'un pathogène y circule et s’y développe. Toutes n'ont pas la même "compétence" à transmettre un pathogène ».

S’adapter à une multiplicité de cas et de terrains

« L’identité de PREZODE, c'est de comprendre finement l’ensemble des facteurs qui concernent des échelles et dynamiques à la fois locales et globales et qui relient santé animale, santé humaine, systèmes alimentaires et environnement. Il n’existe pas de solution unique », indique Manon Lounnas. D’où la nécessité d’une vision One Health, pluridisciplinaire, intégrant sciences sociales et recherche participative. Le projet CARE, par exemple, se base sur une approche communautaire en étudiant les comportements à risques en France, en Côte d’Ivoire et au Zimbabwe,. Quels gestes sont à risque d’amplifier l’infection. ? Quelles solutions peuvent se coconstruire pour être non seulement efficaces mais aussi acceptables localement ? « Les directives top-down, bien souvent, n'ont aucun sens pour les communautés qui se voient forcées de les appliquer. Il y a même un risque d’effet contraire, car les populations ne se sentent pas impliquées dans le développement de l'action », poursuit Manon Lounnas. PREZODE fonctionne donc par « zones d'interface faune-élevage-humain » et nouvelles zones de vulnérabilité. Par exemple, les marchés de volailles au Vietnam et au Bangladesh, terrains du projet ZOLA pour limiter la propagation de la grippe aviaire,  ou encore l’approche territoriale du projet ZOOCAM en Camargue.
À la variété de contextes géographiques, épidémiologiques, sociétaux, s’ajoute celle des pathogènes. C’est via des appels à projets que s’est constitué le portefeuille d’agents pathogènes qui serviront de modèles et dont la plupart constituent un risque pandémique et une menace pour la France. Parmi ceux-ci, la grippe aviaire, la fièvre hémorragique Crimée-Congo, la rage, des virus de moustiques (arbovirus), des pathogènes de rats (virus et leptospiroses), ou encore les trématodes, parasites qui passent par l'escargot et infectent le bétail. Mais, la question qui intéresse en priorité le programme est celle de l’agent que l’on ne connaît pas encore : le « pathogène X ». « C'est justement parce qu'on ne sait pas lequel sera à l'origine de la prochaine pandémie que le programme se concentre sur la prévention des risques : en amont de l'émergence », précise Manon Lounnas.

Des solutions innovantes pour de premiers résultats

PREZODE propose une approche originale centrée sur les risques, sur trois work packages : Surveiller – Comprendre – Prévenir, et conforme aux évolutions du cadre de One Health proposées en 2021 par le panel d’experts Une Seule Santé de haut niveau (OHHLEP). Notamment la démarche des « Quatre C : Communication, Coordination, Collaboration, Capacity building (développement des compétences) ». Les projets doivent faire émerger de l'innovation diagnostique et technique, mais aussi méthodologique. Manon Lounnas cite plusieurs projets qui proposent d'améliorer la surveillance : « Le projet INSTEAD, sur les virus West Nile et Usutu, qui va opérer des relevés d'écoute d’oiseaux réservoirs pour inférer des densités de populations dans certains sites et les relier à des risques d'émergence. Le projet prévoit aussi de la surveillance moléculaire des vecteurs en amont de la transmission à l'homme. Le projet HODAS met en œuvre une surveillance populationnelle de fièvre au sein de cheptels de bovins. Le projet CAVICOR, au Cameroun, développe de son côté une méthode de captation des coronavirus dans l'air des caves ou grottes où résident les chauves-souris. La surveillance non invasive de la faune sauvage, plus aléatoire que celle du bétail, est un défi technique majeur. L’intelligence artificielle peut aussi venir en soutien à l’identification de signaux faibles et générer des modélisations : le projet TALEDZ l’utilise sur les structures de d'élevages de volailles aux Antilles ».

Les démographes, sociologues, anthropologues, économistes de la santé, épidémiologistes, vétérinaires et écologues de PREZODE vont générer un grand nombre de données hétérogènes que la modélisation permettra de relier aux répercussions observées dans les écosystèmes. « Elles vont nous permettre de proposer des modèles de propagation fondés sur d’éventuels points communs identifiés. Une étude prospective va de même élaborer des scénarios à 2050. Nous encourageons aussi le recours aux solutions fondées sur la nature telles que l’agroforesterie, pour réintégrer de la biodiversité dans certains paysages tout en maintenant une activité agricole de subsistance, mais aussi l’utilisation de jeux sérieux pour sensibiliser des porteurs d'enjeux et élus locaux. »

Parmi les onze projets en cours, de premières contributions se dessinent : « Le projet ARCHE sur la fièvre hémorragique Crimée-Congo a permis de confirmer que le virus circulait dans le sud de la France et que l’exposition de l'animal aux tiques constituait un risque pour les populations humaines », ajoute Manon Lounnas. « Au sein du projet AMAZED, des collectes de moustiques vont permettre d’identifier les arbovirus portés par ces espèces au sein d’habitats soumis à des degrés d’anthropisation variés. Des modélisations prévues intégrant ces données de terrain permettront d’identifier le lien entre changement climatique et anthropisation en Guyane, aux Antilles et en Nouvelle-Calédonie. »

Instaurer une véritable culture de la « One Health-Ness » ?

Signe encourageant, certains pays font figure de précurseurs dans l’institutionnalisation de ces stratégies. « Le Cameroun est très actif avec une plateforme One Health, le Yaoundé One Health forum. L’Asie du Sud, l’Indonésie, la Belgique sont aussi mobilisées. Et la France ! En atteste la présidence du Sommet One Health 2026 auquel nous participons. » Selon Manon Lounnas, deux leviers sont essentiels à l’adhésion et l’implémentation de ces approches au sein des gouvernances. « Le maintien d’une "mémoire des institutions" est primordial pour ne pas avoir à recommencer sans cesse le travail de plaidoyer. Le socle One Health doit transcender les agendas et couleurs politiques des pays et perdurer en "inter-crises". Des études en sciences sociales rapportent par ailleurs que la notion, pour s’installer, doit s’enraciner dans les consciences, jusqu’à prendre une dimension identitaire. » Comment faire en sorte que l’idée de prendre soin de notre environnement, de nos animaux, afin de prendre soin de nous-mêmes, devienne une évidence ? « De nombreuses communautés autochtones sont déjà connectées au vivant mais ne sont pas écoutées du fait des discours dominants, capitalistes. Il me semble aussi, conclut Manon Lounnas, que l'éducation des enfants, adultes de demain, soit une voie porteuse d’espoir. »