Acides nucliéques, molécules sentinelles des écosystèmes aquatiques continentaux

Dans un contexte de changement global et d’une nécessaire exploitation durable de nos ressources en eau, les organismes présents dans les socio-hydrosystèmes sont à la fois une biodiversité riche à préserver mais également le reflet de l’état de fonctionnement et de l’intégrité de ces milieux. Ces organismes laissent dans leur habitat des traces sous forme d’acides nucléiques environnementaux (ANe), qui peuvent être prélevés directement dans l’environnement. Grâce aux récents progrès en biologie moléculaire, les ANe permettent de caractériser l’empreinte sur la biodiversité des conditions quantitatives et qualitatives des ressources en eau, au travers par exemple de l'abondance, de la diversité des organismes ou encore de l’expression de voies métaboliques. Ainsi, les ANe peuvent servir de sentinelles de l'état de santé de l'écosystème face aux multiples stress biotiques et abiotiques (réchauffement climatique, pollutions, activités anthropiques, arrivée d’espèces invasives et pathogènes…). Malgré des avancées considérables dans l’utilisation des ANe, le transfert opérationnel reste limité du fait d’un manque de connaissances sur l’écologie des ANe le long du continuum hydrologique et du retard pris sur certaines masses d’eau (ex. eaux souterraines). Le projet ALIQUOT a pour objectif de combler ces lacunes par l'acquisition de connaissances fondamentales sur la dynamique spatio-temporelle des ANe dans les écosystèmes aquatiques continentaux afin de les mettre à profit pour identifier des solutions favorisant l’adaptation et la résilience des socio-hydrosystèmes. ALIQUOT vise à développer de nouvelles méthodologies permettant de décrire qualitativement et quantitativement la biodiversité, surveiller l’émergence d’espèces non-natives ou pathogènes et caractériser la santé et le fonctionnement de ces écosystèmes de façon fiable et reproductible.

En 2025, ALIQUOT s’est attaché à construire des expérimentations et des outils de biologie moléculaire et bioinformatique pour accompagner les différentes thèses du projet. Un échantillonneur automatique d’ANe a été adapté et testé avec succès. Des résultats prometteurs sur l’usage des ARN environnementaux pour un suivi efficace dans l’environnement ont été obtenus et un nouveau modèle de transport des ANe a été proposé.