Toward highlY Predictable Editing of the plant genome leXicon.

L’édition précise du génome des plantes reste difficile, notamment en raison de la diversité des espèces et de la complexité des outils nécessaires. Le projet TYPEX poursuit trois grands objectifs : (1) améliorer l’efficacité de l’édition de précision (PE), qui permet une modification ciblée et prévisible, contrairement au système CRISPR-Cas initial, ciblé mais aléatoire ; (2) appliquer cette technologie à plusieurs espèces cultivées ; (3) rendre possible l’édition du génome via CRISPR-Cas chez des plantes réputées « résistantes » à la transformation génétique. Les deux premiers objectifs visent à optimiser le PE sur des plantes modèles avant de le transférer aux grandes cultures, tandis que le troisième explore des approches innovantes pour accéder à des espèces jusqu’ici inédites pour l’édition.

Le projet s’appuie sur une plateforme du LRSV (Toulouse), dédiée à la synthèse et au clonage de gènes, ainsi qu’à la mise à disposition d’outils CRISPR améliorés. D’abord pensée pour les partenaires de TYPEX, elle sera ensuite ouverte à la communauté scientifique.

Pour l’objectif 1, les équipes du WP1 ont mené des tests à haut débit sur différents plasmides PE et identifié les modules les plus performants (EPPE+ et PEmax), efficaces dans les deux espèces examinées. Durant l’année 2025 elles ont également réalisé des analyses phylogénétiques et structurales pour sélectionner des transcriptases reverse (RT) susceptibles d’augmenter l’efficacité du PE. Ces RT sont actuellement testées au LRSV et à l’IJPB. En parallèle, la stratégie Turbo-ID a été mise en œuvre pour identifier, directement dans la plante, les protéines interagissant avec le module PE. Ces deux approches permettront bientôt de caractériser et tester des protéines candidates pour améliorer encore l’édition.

Concernant l’objectif 2, les outils « EPPE+ » et « PEmax » ont été distribués via la plateforme et validés en 2025 sur le maïs, la tomate et le riz.

Pour l’objectif 3, les partenaires du WP3 ont défini les stratégies à explorer pour déployer CRISPR-Cas chez des espèces difficiles à transformer. Les modules d’expression nécessaires sont en cours d’acheminement, et des avancées significatives ont déjà été obtenues chez le pois en 2025.