Managing environmental hotspots and transmission of AMR

En France, toutes les régions subissent des sécheresses persistantes et il est nécessaire de considérer les eaux usées municipales traitées pour irrigue en protégeant la sécurité alimentaire. Le projet MEHTA aborde spécifiquement le thème 1 du PPR : Dynamique et contrôle de l'émergence, de la transmission et de la propagation de la résistance aux antibiotiques.

En serre, les tomates irriguées avec des eaux usées traitées ne présentaient pas de charge de résistance aux antimicrobiens significativement plus élevée que les tomates irriguées à l'eau du robinet. Le stockage statique des eaux usées pendant au moins trois semaines a dramatiquement réduit l'abondance d'Escherichia coli viables. L'abondance des gènes de résistance aux antibiotiques a diminué pendant le stockage, mais moins rapidement que celle d'E. coli viables. Cela suggère que E.coli, à lui seul, n'est peut-être pas un indicateur suffisamment fiable de la probabilité d'exposition humaine aux gènes de résistance aux antimicrobiens, et que des indicateurs complémentaires devraient être étudiés.

Les spores des pathogènes humains Clostridioides difficile et Clostridium perfringens sont très résistantes et persistantes dans l'environnement. Une analyse des effluents de stations d'épuration utilisant uniquement un traitement secondaire, l'ozone, les UV ou la filtration membranaire a révélé que seule la filtration permettait d'obtenir des effluents exempts de clostridies.

Un modèle ex vivo du microbiote intestinal humain a démontré que de très faibles quantités d'antibiotiques, susceptibles d'être ingérées par voie alimentaire, peuvent rendre le microbiote vulnérable à la colonisation par des souches épidémiques de E. coli résistantes aux antibiotiques.

Afin de déterminer si les concentrations d'antibiotiques dans les effluents seraient suffisamment élevées pour induire une résistance chez les bactéries du sol, un modèle a été développé. Ce modèle estime les concentrations en phase aqueuse en tenant compte des concentrations initiales et des interactions d'adsorption avec la phase solide. Dans les situations considérées (irrigation par des eaux usées traitées, apport de lisiers et de boues), le modèle estime que les concentrations dans les sols irriguer sont trop faibles pour sélectionner la résistance.