Managing environmental hotspots and transmission of AMR

Le projet MEHTA concerne le thème 1 du PPR : Dynamique et contrôle de l’émergence, de la transmission et de la propagation de la résistance aux antibiotiques. L’accent est mis principalement sur le risque potentiel de développement et de transmission de la RAM dans les systèmes de production agricole irrigués par les effluents des stations d’épuration. Ces effluents peuvent contenir des bactéries résistantes aux antibiotiques, ainsi que des résidus chimiques d’antibiotiques et d’autres substances, telles que des biocides, susceptibles de co-sélectionner la résistance aux antibiotiques. Les résultats spécifiques du projet comprendront une évaluation de la composition chimique et microbienne des effluents et de son évolution en fonction du procédé de traitement ; une évaluation de la dynamique des bactéries et des gènes résistants aux antibiotiques dans les systèmes de production agricole irrigués par les effluents ; une modélisation et une évaluation des concentrations d’antibiotiques dans les sols recevant les effluents, les biosolides ou les effluents animaux. Depuis le dernier rapport, une expérience en serre a été menée, qui a révélé que la combinaison d’effluents et d’antibiotiques couramment utilisés pour la protection des plantes ne potentialise pas davantage le réservoir de résistance aux antibiotiques que les effluents seuls. Les méthodes analytiques développées dans le cadre du projet ont été déployées pour quantifier les résidus d'antibiotiques dans les tomates cultivées dans des sols irrigués par des effluents. Les populations d'E. coli dans les effluents diminuent rapidement lorsque ceux-ci sont stockés à température ambiante, et l'abondance de certains gènes de résistance aux antibiotiques diminue à des rythmes similaires. Cela suggère qu'E. coli est un bon substitut pour la charge de gènes de résistance aux antibiotiques dans les effluents. Un modèle in vitro du microbiome intestinal humain a été amélioré et sera utilisé pour évaluer l'effet des concentrations d'antibiotiques mesurées dans les légumes. Les travaux progressent sur le développement d'un modèle permettant de déterminer si les concentrations d'antibiotiques dans les sols traités se situent dans une plage biologiquement active, et comment cela varierait en fonction de la structure chimique de l’antibiotique et des propriétés du sol.