A la recherche des variations structurales dans les pangénomes – PanQueSt

En génomique, les variations de structure (SV), telles que les insertions, délétions, inversions et translocations, jouent un rôle important dans la diversité génétique et les maladies. Elles ont été sous-étudiées en raison des limites des premières technologies de séquençage. Aujourd’hui, l'essor de l'assemblage de génomes de télomère à télomère fait passer l'analyse génomique basée sur un génome de référence unique aux modèles plus complets de pangénomes. Mais les graphes de pangénomes sont des structures de données complexes et volumineuses et les approches pangénomiques n'en sont qu'à leurs débuts. Nous manquons actuellement de recul et d'outils informatiques adaptés pour exploiter pleinement ce nouveau paradigme, notamment dans le contexte de la caractérisation des SV. Ce projet rassemble des compétences complémentaires pour développer des outils informatiques innovants pour détecter et caractériser les SV dans les graphes de pangénome, en surmontant les biais actuels vers les petits variants ou les organismes modèles. Nous développerons de nouveaux algorithmes pour détecter avec précision les motifs complexes des différentes types de SVs dans les graphes, améliorant leur résolution et leur interprétation. Nous développerons également un benchmark de référence pour standardiser l'évaluation de la détection des SV, offrant une ressource précieuse pour la communauté génomique. Enfin, nous proposerons des méthodes pour identifier les SV associés à des métadonnées ou phénotypes, contribuant ainsi à améliorer la mise à l’échelle des post-analyses et la compréhension de la question de l'héritabilité manquante. Notre implication dans des projets produisant des pangénomes nous permettra d'accéder à différents cas d'utilisation. En offrant des logiciels efficaces, le projet facilitera de nouvelles découvertes et applications sociétales dans les domaines de l'agronomie, de la santé et de la biodiversité.