Paléomique: modèles et algorithmes – PALOMA

Les progre`s de la biologie mole´culaire permettent aujourd'hui d'acce´der aux informations ge´ne´tiques contenues dans des e´chantillons anciens d'origine animale, renouvelant de manie`re radicale les approches d'identification des espe`ces en pale´ontologie et zooarche´ologie. Ces nouvelles donne´es offrent une perspective ine´dite sur la biologie et l’e´cologie du passe´. Toutefois, comme pour toute nouvelle source de donne´es, il est ne´cessaire de de´velopper des me´thodes nume´riques ade´quates pour leur analyse.
Le projet PALOMA se concentre sur l'analyse des prote´ines anciennes, la pale´oprote´omique, repre´sente´e par exemple par les techniques d’empreinte de masse peptidique pour le collage`ne, et sur l'analyse conjointe de l’ADN ancien et des prote´ines dans une de´marche inte´grative. Les objectifs du projet sont de concevoir des algorithmes et des mode`les pour formaliser et automatiser l’analyse des donne´es de spectres de masses pour les e´chantillons anciens. Pour ce faire, nous nous appuierons sur des me´thodes issues de l'algorithmique des se´quences et de l'apprentissage automatique. Toutes ces contributions seront valorise´es sour forme de logiciels libres, pense´s pour permettre une analyse a` grande e´chelle reproductible et pour faciliter une large diffusion des me´thodes dans la communaute´. Elles seront complétées par des cas d’études soigneusement sélectionnés pour leur intérêt intrinsèque et pour la difficulté d’analyse qu’ils représentent. Pour sa réussite, le projet est porté par un consortium pluridisciplinaire réunissant bioinformaticiens, protéomiciens, généticiens, zooarchéologues et paléontologues.