Maîtriser l'épidémie mondiale de VIH grâce à la phylodynamique à grande échelle – EmPaTHIc

Le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est un problème de santé publique mondial majeur qui a causé 42 millions de décès. 40 millions de personnes vivaient avec le VIH à la fin de l'année 2023 et il n'existe toujours pas de traitement curatif, tandis que l'accès et l'adhésion au traitement varient considérablement d'un pays à l'autre. Comprendre les mécanismes qui sous-tendent la virulence, l'évolution et la propagation du VIH est une tâche urgente qui n'a pas encore été menée à bien.

Les progrès rapides du séquençage génomique ouvrent des perspectives sans précédent pour comprendre et ralentir la propagation des agents pathogènes. Des centaines de milliers de séquences du VIH-1 sont stockées dans des bases de données mondiales et nationales. Toutefois, les méthodes informatiques n'ont pas encore rattrapé la vitesse de séquençage et sont applicables à des ensembles de données comptant jusqu'à des milliers de séquences. Ce goulet d'étranglement informatique limite les informations relatives à la santé que nous pouvons extraire des données génomiques disponibles.

Mon projet se concentrera sur la suppression de ce goulot d'étranglement et sur l'élaboration de méthodes bioinformatiques permettant de traiter les vastes ensembles de données de séquences VIH disponibles aujourd'hui. Je propose de développer un cadre méthodologique pour les études sur le VIH qui fournira une vue globale de l'épidémie de VIH et permettra de placer les analyses régionales du VIH dans le contexte mondial. Il sera utilisé, d'une part, pour détecter les particularités locales auxquelles les politiques de santé devraient être adaptées et, d'autre part, dans les cas où peu de données sont disponibles pour un endroit, pour extraire des informations des modèles mondiaux ou d'autres endroits qui sont similaires mais qui présentent plus de caractéristiques que les autres.