Décryptage des peptides dérivés de la fibrine par dégradomique pour évaluer l'état inflammatoire de la pulpe dentaire – PULPITOMIC

Actuellement, le traitement des dents cariées présentant une inflammation sévère de la pulpe dentaire repose sur la dévitalisation, c’est-à-dire l'ablation du tissu pulpaire et son remplacement par un matériau inerte. Cette approche fragilise la dent plus fragile et l’expose à un risque accru de réinfection. Or, la dentisterie moderne s’appuie sur deux principes majeurs : la préservation tissulaire et la conservation de la vitalité pulpaire. Maintenir une dent vivante favorise sa longévité sur l’arcade dentaire. Cependant, les thérapeutiques de préservation de la vitalité pulpaire (TPVP) reposent sur un diagnostic précis de l’intensité de l’inflammation pulpaire, élément clé pour évaluer la capacité de réparation de la pulpe. Cependant, nous ne disposons pas encore d’outils fiables pour évaluer la sévérité de l'inflammation pulpaire ce qui constitue un obstacle à l’optimisation des taux de succès des TPVP. L'identification de biomarqueurs pertinents, au carrefour de l'état inflammatoire et de la capacité de réparation de la pulpe dentaire, est essentielle pour développer des outils de diagnostic innovants et précis. Jusqu’à présent, plusieurs médiateurs inflammatoires non spécifiques ont été étudiés mais aucun n’a permis d’établir un lien précis entre l’intensité de l'inflammation pulpaire et la capacité de réparation. La cicatrisation pulpaire repose notamment sur les cellules souches de la pulpe dentaire (CSM-PD), et leur micro-environnement. Parmi les composants clés de ce processus, la fibrine joue un rôle clé en fournissant une matrice provisoire, nécessaire à la réparation tissulaire. Récemment, les sites de fibrine exposés après clivage ont été proposés comme cibles pour contrôler l’inflammation des tissus. Cependant, peu de données existent concernant la fibrine et son clivage en cas d’inflammation pulpaire. Nous avons récemment étudié la dégradation d’un hydrogel de fibrine par les CSM-PD en utilisant la dégradomique, une méthode de spectrométrie de masse spécifiquement conçue pour l'identification des événements protéolytiques. Ainsi, de nouveaux sites de clivage dans la chaîne alpha du fibrinogène (FGA) ont été identifiés. En supposant que le premier point d'attaque est proche de l'extrémité C-terminale de FGA, nos données préliminaires suggèrent un mécanisme ordonné de protéolyse de la fibrine, de l'extrémité C-terminale à l'extrémité N-terminale, piloté par la séquence d'acides aminés de la zone de clivage. Nous émettons l'hypothèse que les évènements protéolytiques ordonnés qui se produisent dans la fibrine sont corrélés à l'état inflammatoire de la pulpe dentaire et à sa capacité de réparation. Le projet PULPITOMIC vise à utiliser des approches -omiques pour identifier les peptides dérivés de la fibrine qui pourraient être utilisés comme biomarqueurs pour évaluer la progression de la pulpite. Les principaux objectifs de ce projet sont les suivants : (i) identifier par dégradomique les sites de clivage de la fibrine et les peptides de dégradation libérés, dans plusieurs modèles de pulpite, in vitro et in vivo, (ii) sélectionner et développer des peptides FRET pour évaluer les activités fibrinolytiques par fluorescence et des peptides isotopiques pour quantifier la dégradation de la fibrine par protéomique ciblée, (iii) évaluer la sévérité de la pulpite sur la base d'outils de détection dérivés de la fibrine in vivo chez le rat et dans une collection biologique.
L'expertise du consortium en matière de pulpite, de biologie de la matrice et d'analyses -omiques, fournit un environnement unique pour déchiffrer les clivages protéolytiques se produisant au cours de la pulpite. Le projet PULPITOMIC fournira la preuve de concept pour le développement de technologies innovantes basées sur la détection d'activités protéolytiques spécifiques pour le diagnostic de la pulpite afin d'adapter les stratégies de traitement et d'ingénierie tissulaire pour les caries dentaires et autres tissus enflammés.