Sélection d'anticorps spécifiques dirigés contre l'ADN i-motif – SEA-iDNA

Les principaux objectifs du consortium sont de sélectionner par phage display des anticorps spécifiques de l'ADN i-motif en utilisant des outils chimiques innovants (i-motif contraints) et de les valider in cellulo.
Les i-motifs sont des structures d'ADN à quatre brins dans lesquelles les cytosines sont intercalées grâce à un empilement de paires de bases C-C hémi-protonées (CH+:C), et peuvent se former au niveau de régions riches en C dans les promoteurs ou les télomères.
Une particularité est la forte dépendance de leur formation au pH. En effet, ils sont généralement formés in vitro à pH acide, ce qui a remis en cause leur existence in cellulo. Récemment un anticorps (iMab) a été décrit et utilisé pour mettre en évidence par immunofluorescence l’existence de la structure i-motif dans les cellules humaines. Toutefois, l'utilisation de cet anticorps pour la détection par IF ou pour d'autres techniques (CUT&TAG par exemple) a été récemment remis en cause notamment à cause de la faible sélectivité de cet anticorps pour les structures i-motif versus d'autres structures d'ADN et notamment des séquences riches en cytosine mais ne formant pas de structures i-motif.
Le problème important réside dans le fait que la formation de la structure ADN i-motif nécessitant des conditions acides, celles-ci pourraient conduire à la protonation du ligand (par exemple l'anticorps) et augmenter ainsi les interactions non spécifiques avec l'ADN. C'est dans ce contexte que des études récentes réalisées par le partenaire 1 ont montré que le seul anticorps actuellement commercialisé n'est pas spécifique à l'ADN i-motif mais se lie également aux séquences riches en C mais n’ayant pas la capacité à se replier en i-motif.
Il existe par conséquence un grand intérêt à sélectionner des anticorps capables de reconnaître plus spécifiquement la conformation repliée du i-motif afin de mettre à disposition de la communauté scientifique un outil plus adapté et plus fiable pour étudier le rôle de l'ADN i-motif dans les cellules.
Pour répondre à ces objectifs scientifiques et sélectionner des anticorps hautement spécifiques de la structure i-motif versus d'autres structures d'ADN, nous utiliserons des structures i-motif contraintes qui ont été démontrées stables dans les conditions physiologiques. Ces structures contraintes seront utilisées comme cible en phage display pour sélectionner de nouveaux candidats anticorps. Ceux-ci seront ensuite criblés grâce à des tests ELISA et BLI (BioLayer Interferometry) pour accéder aux meilleurs candidats (c'est à dire ceux avec une forte affinité pour la structure i-motif tout en ayant peu ou pas d'affinité pour d'autres structures d'ADN et notamment des séquences riches en C incapables de se replier en i-motif). Les meilleurs candidats anticorps seront ensuite étudiés en milieu cellulaire pour vérifier s’ils ont la capacité de détecter des séquences d’ADN i-motifs.