Un objectif d'haplotypage à haute capacité rendu possible par la pangénomique – PANHCHO

Dans ce projet, nous proposons de réaliser un séquençage génomique plus profond sur 20 individus issus d'initiatives génomiques existantes en France pour créer un « pangénome » ; une séquence de référence avec une structure en graphe permettant de décrire de manière unique les réarrangements génétiques complexes. Cela nous permettra de développer de nouvelles méthodes pour exploiter ce pangénome et ainsi d'enrichir les bases de données existantes afin de permettre l'imputation statistique des variations complexes. Les nouvelles données de référence et les méthodes issues de ce projet seront utiles autant dans des applications cliniques qu’en recherche. En France, deux plateformes de séquençage génomique (Auragene et Seqoia) traitent actuellement en moyenne 9 000 trios cas-parents par an dans le cadre du diagnostic des maladies rares. Le rendement diagnostique est élevé (environ 30 %), mais non exhaustif. Parallèlement, les épidémiologistes génétiques à travers la France conçoivent des études impliquant le génotypage ou le séquençage de milliers d'individus, incluant de nouveaux patients et des témoins de la population générale. La qualité et la complétude des données sont essentielles, mais les avancées techniques et méthodologiques évoluent rapidement, et la France est en retard dans ce domaine. D'où l'ampleur potentielle de l'utilité de ce projet dont l'objectif est de fournir des données de référence, des méthodes, et une infrastructure bioinformatique permettant de séquencer de manière fiable un plus grand nombre de variants génétiques d’intérêt. L'utilisation d'un pangénome peut permettre une augmentation de 100 % de la détection des variants structuraux ainsi qu'une diminution des taux d'erreurs globaux de 34 %, avec une augmentation globale de 9 % des régions génomiques couvertes, incluant 2 000 gènes supplémentaires. Les nouvelles méthodes d'imputation que nous proposons de développer ici permettront, de manière cruciale, de démocratiser cette technologie.