Génomique de la phylogénie, de l'évolution et du diagnostic des bactéries responsables de la maladie du huanglongbing des agrumes – CALIBEVOL

Le huanglongbing des agrumes (HLB) est une maladie dévastatrice responsable de pertes économiques majeures dans les pays producteurs d'agrumes du monde et est actuellement considérée comme la principale menace pour l'industrie des agrumes. Le HLB est associé à trois espèces de ‘Candidatus Liberibacter’, a-protéobactéries non cultivables limitées au phloème et appartenant à la famille des Rhizobiaceae. La maladie est encore absente en Europe, mais les psylles vecteurs des pathogènes se sont établis ces dernières années dans les principales régions productrices d'agrumes de l'UE. Malgré leur importance mondiale et la menace majeure qu'elles représentent pour l'industrie européenne des agrumes, les stratégies évolutives des bactéries associées au HLB reste largement méconnue et les méthodes de diagnostic de référence actuellement proposées souffrent d'un manque de spécificité. La première partie de ce projet vise à utiliser un protocole innovant pour l'enrichissement et le séquençage de l'ADN bactérien afin de construire une base de données génomique et de clarifier les relations phylogénétiques entre les espèces et sous-espèces de 'Ca. Liberibacter' associées au HLB par des approches de génomique comparative. La deuxième partie vise à fournir de nouvelles informations sur le mode d'évolution de ces bactéries grâce à l'analyse bioinformatique des ressources génomiques. Cela nous permettra de mieux caractériser les principales forces évolutives de ces bactéries (importance relative de la mutation et de la recombinaison), de caractériser leurs génomes accessoires et les véhicules de transfert horizontal de gènes, et d'identifier les gènes potentiellement associés à des traits adaptatifs. Enfin, la troisième partie de ce projet vise à utiliser le polymorphisme génétique mis en évidence entre taxons pour développer des tests de détection moléculaire optimisés et ainsi améliorer la surveillance de ces bactéries, pierre angulaire des stratégies de gestion du HLB.