Elimination programmée du génome chez les nématodes: identification des forces évolutives en présence – EVOELIM

Certaines espèces eucaryotes subissent systématiquement une élimination programmée de l'ADN (PDE), consistant en la destruction partielle des chromosomes dans leur soma au cours du développement. Bien que décrit dès 1887, le PDE est resté mystérieux en raison des limites des systèmes modèles et des technologies de séquençage. En particulier, les questions fondamentales concernant la fonction et l’évolution du PDE restent floues. Récemment, l'équipe du Partnenaire 1 a découvert que les nématodes du genre Mesorhabditis, qui peuvent être manipulés en laboratoire, subissent le PDE, où près de 30 % du génome est éliminé dans le soma, ciblant principalement des transposons. Plusieurs données récentes de l’équipe suggèrent que le PDE pourrait servir à contrôler les transposons et non les quelques centaines de gènes codant pour des protéines qui sont également éliminés. Avec EVOELIM, nous développerons des approches fonctionnelles et appliquerons des méthodes de génétique des populations pour explorer la possibilité que des transposons aient conduit à l'émergence du PDE chez ces nématodes et que le PDE réflète aujourd’hui l’histoire d’une co-évolution entre des élements égöistes, tels que les transposons et le génome de leur hôte.
Objectif 1 : nous déchiffrerons l'origine du PDE chez Mesorhabditis, en testant si la séquence spécifiant la cassure des chromosomes est issue d'un transposon et en identifiant la (les) nucléase(s) associée(s). Objectif 2 : nous testerons si le PDE offre une niche dans le génome pour les transposons, en explorant les « vagues » d'invasions de transposons et en analysant les conséquences de leur maintien dans le soma. Objectif 3: nous étudierons comment le PDE a été maintenu et s’il est devenu une dépendance pour l'hôte, en analysant plus en détail les gènes présents dans le compartiment éliminé.
Grâce à notre expertise combinée et à notre nouveau système d'étude, nous approfondirons la compréhension du PDE chez les animaux et plus généralement les mécanismes de co-évolution du génome et des transposons