Les connections entre systèmes à deux composants et petits ARNs dans la physiologie bactérienne et la virulence – CONNECT2

Les systèmes à deux composants (SDC) et les petits ARN sont deux classes de régulateurs de l’expression génétique extrêmement répandues chez les bactéries et qui agissent en général au niveau transcriptionnel ou post-transcriptionnel, respectivement. Nos travaux précédents, ainsi que ceux d’autres laboratoires, ont identifié plusieurs circuits mixtes de régulation au sein desquels des SDC contrôlent la synthèse de petits ARNs, ou, à l’inverse, des petits ARNs contrôlent la synthèse de SDC. Nos travaux précédents ont montré que, dans les cas où elles ont été étudiées, les conséquences des régulations des SDC par des petits ARNs étaient, de facon surprenante, très variables d’un système à l’autre, et difficiles à prédire. Etant donné le rôle crucial que jouent les petits ARN et les SDC dans l’adaptation bactérienne, nous proposons donc de déterminer maintenant non seulement leur fonction, mais aussi les propriétés des circuits mixtes de régulation dans la tolérance au stress et la virulence. Pour ce faire, nous développerons des cribles « CRISPRi » afin d’identifier les petits ARN et les SDC importants pour l’adaptation et la survie des bactéries dans le phagolysosome des macrophages, un environnement qui présente de nombreux stress. Nous utiliserons deux souches bactériennes d’Escherichia coli pour ces cribles : la souche de laboratoire K-12 et un isolat clinique associé à la maladie de Crohn, LF82. Sur la base de nos données préliminaires ou des résultats des cribles CRISPRi, nous étudierons ensuite le rôle de certains petits ARN, SDC et des circuits mixtes de régulation dans lesquels ils s’intègrent, en utilisant une panoplie d’approches expérimentales allant d’études transcriptomiques jusqu’à des analyses en cellule unique.