Déterminants génétiques et épigénétiques de la dynamique des transposons – DYNAMETS

Les éléments transposables (ET), par leur capacité à se répliquer et de se déplacer dans les génomes, peuvent jouer un rôle clé dans leur évolution. Bien qu'ils constituent la majeure partie du génome de nombreux organismes eucaryotes , la plupart sont des fossiles inactifs, ne laissant qu'une petite fraction mobile, appelée le "mobilome." Malgré son importance dans l'évolution des ET, cette fraction active reste mal comprise. En particulier, nous ne connaissons pas les facteurs qui régissent le nombre, le type, le taux de transposition et l'impact des ET actifs, des connaissances cruciales pour comprendre leur variation entre les espèces.
Ce projet s'appuie sur notre compréhension du contrôle épigénétique des ET dans la plante modèle Arabidopsis thaliana pour étudier le mobilome et ses régulateurs génétiques et épigénétiques. En déployant des études d'association génomique (GWAS) sur de grandes populations expérimentales, nous identifierons les facteurs cis et trans impliqués dans la variation naturelle de la répression et de la transposition des ET, et testerons leurs rôles à l'aide de techniques d'édition génomique. L'impact des insertions d'ET sur l'expression génique sera aussi examiné via des approches transcriptomiques, et ces résultats seront intégrés dans un modèle génétique des populations sur l'évolution du mobilome.
Cette collaboration internationale réunit des experts en génomique et génétique des populations d'Arabidopsis (Magnus Nordborg, GMI, Vienne), des transposons (Leandro Quadrana, IPS2, France) et de l'épigénétique (Pierre Baduel, IBENS, France), offrant une occasion unique d'explorer la variation naturelle de l'activité et de l'impact des ET. Ainsi, DYNAMETS offrira une perspective à l'échelle des espèces sur la diversité du mobilome, avec des implications clés pour comprendre les forces qui animent l'évolution des génomes et l'adaptation rapide, notamment face aux changements environnementaux.